В 90-х годах Чехов выступает уже как активный противник философии Толстого ("Палата № 6", "Моя жизнь", "Крыжовник" и др.).
Если говорить о философских основах миросозерцания Чехова, то надо прежде всего указать на стихийный материализм писателя. Чехов, не поднявшись до идей диалектического материализма, оставаясь на позициях естественно-научного материализма, часто выступал против идеалистических представлений современников. Особенно характерной для материалистической позиции Чехова является его полемика с философией романа Бурже "Ученик".
В письме к Суворину от 7 мая 1889 г. Чехов дает высокую общую оценку Бурже: французский писатель, по его мнению,- "талантливый, очень умный и образованный человек", "полно знаком с методом естественных наук". Но у Бурже, автора "Ученика", есть недостатки, и главный из них - "это претенциозный поход против материалистического направления". И тут же Чехов высказывает свою точку зрения "а материализм: "Материалистическое направление - не школа и не направление в узком газетном смысле; оно не есть нечто случайное, преходящее; оно необходимо и неизбежно и не во власти человека. Все. что живет на земле, материалистично по необходимости... Существа высшего порядка, мыслящие люди - материалисты тоже по необходимости... Воспретить человеку материалистическое направление равносильно запрещению искать истину. Вне материи нет ни опыта, ни знаний, значит, нет и истины... Я думаю, что когда вскрываешь труп, даже у самого заядлого спиритуалиста необходимо явится вопрос: где тут душа? А если знаешь, как велико сходство между телесными и душевными болезнями, и когда знаешь, что те и другие болезни лечатся одними и теми же лекарствами, поневоле захочешь не отделять душу от тела" 1 Т. 14, стр. 360.. Чехов материалистически решал основной вопрос философии, признавая материальный субстрат высшей психической деятельности человека.
В этом же письме материалистические убеждения Чехова органически связываются с его атеистическими воззрениями. Полемизируя с мистической концовкой в "Ученике", Чехов писал: "Если бы Бурже, идучи в поход, одновременно потрудился указать материалистам на бесплотного бога в небе и указать так, чтобы его увидели, тогда бы другое дело, я понял бы его экскурсию" (Т. 14, стр. 361.)
Попутно Чехов выступает с критикой служителей религиозного культа, лицемерно восстающих против разврата и неверия, распространенных в обществе: "Попы ссылаются на неверие, разврат и проч. Неверия нет. Во что-нибудь да верят, хотя бы и тот же Сикст (ученый-герой в "Ученике"-Л. Г.). Что же касается разврата, то за утонченных развратников, блудников и пьяниц слывут не Сиксты и не Менделеевы, а поэты, аббаты и особы, исправно посещающие посольские церкви" (Там же.)
Это выступление Чехова против церковников, как и другие аналогичные его высказывания о попах и монахах в письмах и записных книжках, находится в тесной внутренней связи с содержанием рассказа Чехова "Без заглавия" - одного из остроумнейших произведений писателя, созданного в годы перелома. Кстати, этот рассказ Чехова своим содержанием напоминает произведение Беранже "Четыре капуцина".
Чехов в переписке с современниками часто выступал против отдельных философских взглядов Л. Н. Толстого, ощущая в них субъективный идеализм и антинаучные, религиозные предрассудки. Восторгаясь реалистическим искусством Толстого, Чехов всегда критически относился к его религиозно-философским воззрениям. Стоит упомянуть, что Чехов, критик Толстого, нашел союзника и единомышленника в лице великого русского ученого Мечникова, который выступил в 1891 г. со статьей "Закон жизни", направленной против идеалистических взглядов Толстого.
Для Чехова характерен культ естествознания и медицины. В этом отношении Чехов продолжал традиции передовой русской разночинной интеллигенции, которая начиная с середины XIX столетия подняла на щит естествознание в своей борьбе за передовое мировоззрение, за передовую науку. Чехов, адепт естественно-научного материализма, высоко оценил деятельность таких выдающихся представителей русской науки, как Пржевальский, Менделеев, Захарьин, Боткин, Мечников, Тимирязев.
Но в научном мировоззрении Чехова, в его материализме и атеизме был крупный недостаток - непоследовательность. Наряду с ярко выраженными материалистическими убеждениями время от времени у Чехова проявлялись идеалистические срывы и заблуждения.
Чехов признавал природу, материю объективной реальностью, существующей вне и независимо от сознания, признавал первичность материи и вторичность сознания, признавал материалистический детерминизм, объективную закономерность явлений жизни и поступков людей, признавал познавательную силу науки, но в то же время в его суждениях нередко слышались нотки агностицизма и фатализма, мысли о непознаваемости отдельных существенных явлений жизни, о роковой силе слепой случайности а человеческой судьбе и т. п.