Под ударами Северо-Кавказского фронта и Черноморской группы войск Закавказского фронта противник отходил на Таманский полуостров, удержание которого в своих руках приобретало для немецко-фашистского командования в данной обстановке особенно большое значение. Находясь на полуострове, соединения врага могли угрожать тылам наших войск и обеспечивать оборону Крыма. Поэтому в январе и феврале гитлеровцы начали спешно создавать на Таманском полуострове и особенно под Новороссийском новые мощные оборонительные рубежи и совершенствовать старые. Опасаясь высадки десанта, они усиленно укрепляли район Новороссийска, долину реки Озерейка и Мысхако. В районе Озерейки и Мысхако ими были установлены береговые артиллерийские батареи из орудий калибром от 105 до 152 мм, минометные батареи, пулеметные точки и большое число прожекторов. Артиллерийские и минометные батареи, расположенные на обратных окатах возвышенностей, имели заранее пристрелянные рубежи по урезу воды. Глубина обороны противника в районе Новороссийска достигала 5–6 км. Здесь находилось до трех пехотных, одна горнострелковая и одна кавалерийская дивизии и подразделения саперов; три пехотные дивизии составляли резерв. Гитлеровское командование значительно активизировало морские перевозки на коммуникациях Керченский полуостров — Таманский полуостров. Действиями авиации, подводных лодок и торпедных катеров оно стремилось нарушить сообщения нашего флота вдоль Кавказского побережья.
Таким образом, обстановка на суше, море и в воздухе (в Крыму и на Кавказе противник теперь имел не более 300 самолетов всех типов) благоприятствовала проведению успешной операции по разгрому новороссийской группировки врага. Замысел операции предусматривал наступление Черноморской группы войск в направлении перевал Маркотх — перевал Неберджаевский. С выходом наших частей на этот рубеж Черноморский флот должен был высадить десант в районе Южная Озерейка. Последующим встречным ударом десанта и соединений Черноморской группы предстояло окружить и разгромить противника и овладеть Новороссийском.
Чтобы дезориентировать гитлеровцев в отношении направления главного удара и создать видимость высадки десанта на широком фронте, замысел операции предусматривал высадку основных сил десанта в районе Южная Озерейка, вспомогательного десанта — в районе Станичка и демонстрацию высадки в районах Анапы, Благовещенска, мыса Железный Рог. Кроме того, в районе Васильевка — Глебовка должен был высадиться воздушный десант с задачей уничтожения штабов, линий связи и мостов.
Основные силы десанта при поддержке авиации и корабельной артиллерии должны были наступать из района Южной Озерейки на Новороссийск, вспомогательному десанту при поддержке авиации и артиллерии Новороссийской военно-морской базы надлежало оттянуть на себя и сковать резервы противника в районе Станички. В случае если основные силы десанта не удастся высадить в районе Южной Озерейки, их следовало высадить в районе Станички.
В десант в основном были выделены части морской пехоты (255-я и 83-я бригады и Отдельный батальон морской пехоты Новороссийской военно-морской базы) и сухопутные части из состава Черноморской группы войск (165-я стрелковая бригада, Отдельный авиадесантный полк, отдельный пулеметный батальон, 563-й танковый батальон, 29-й истребительный противотанковый артиллерийский полк). Для высадки десанта штаб Черноморского флота выделил более 70 кораблей, которые входили в состав названных ниже отрядов. В отряд прикрытия, выполнявший фактически роль отряда кораблей артиллерийской поддержки, входили крейсера «Красный Кавказ» и «Красный Крым», лидер «Харьков», эскадренные миноносцы «Беспощадный» и «Сообразительный». Задачей отряда являлось обеспечение высадки главных сил десанта предварительной артиллерийской подготовкой участка высадки. Командовал отрядом вице-адмирал Л.А. Владимирский. Кроме кораблей, к артиллерийской поддержке десанта была привлечена также артиллерия Новороссийской военно-морской базы.
Отряд кораблей артиллерийской поддержки (канонерские лодки «Красная Грузия», «Красный Аджаристан» и «Красная Абхазия», эскадренные миноносцы «Незаможник» и «Железняков», четыре сторожевых катера) должен был доставить к месту высадки и высадить на берег первый эшелон, а затем поддерживать его действия артиллерийским огнем.
Отряд транспортов и высадочных средств (5 тральщиков, транспорт, 12 сторожевых катеров, 3 несамоходных болиндера, 3 буксира и 14 различных катеров, ботов и барказов) имел задачу доставить и высадить последующие эшелоны десанта. Для высадки вспомогательного десанта был создан специальный отряд высадочных средств из семи сторожевых катеров и двух торпедных катеров.