Из-за болезни бывшего цесаревича Алексея Яковлев, согласовав это с Москвой, решил срочно вывезти сначала Николая II, с которым поехали Александра Федоровна и их дочь Мария (предполагалось, что Яковлев вернется в Тобольск и за остальными). Сопровождать их вызвались бывший гофмаршал двора князь В. Долгоруков, лейб-медик профессор Е. Боткин, горничная Александры Федоровны А. Демидова, официант царской семьи И. Седнев, камердинер Николая II Т. Чемодуров.
По прибытии в Екатеринбург 30 апреля в «дом особого назначения» вместе с Романовыми были допущены только Е. Боткин (сын знаменитого медика и ученого) и А. Демидова. Остальные были арестованы и заключены в тюрьму и позднее (кроме Чемодурова) расстреляны.
Получив сообщение о том, что часть семьи Николая II находится под арестом в екатеринбургском «доме особого назначения», Свердлов особой телеграммой распорядился «содержать Николая самым строгим образом».
4 мая на эту телеграмму председатель исполкома Уралоблсовета А. Белобородов ответил, что принимает приказ к исполнению, и добавил, что у арестованного В. Долгорукова были обнаружены материалы, якобы свидетельствующие о существовании «плана бегства» царской семьи. Ничего подобного в действительности не существовало. Сохранились письмо В. Долгорукова в Петроград бывшему обер-гофмаршалу П. Бенкендорфу и заявления на имя А. Белобородова, свидетельствующие о том, что последний дезинформировал Москву. Вот текст письма Бенкендорфу от 30 апреля 1918 года:«Дорогой мой Павел! Сегодня я приехал в Екатеринбург после ужасной утомительной дороги, в тарантасе. 270 верст ехали 2 дня, и я очень разбит. Нас очень торопили, не знаю – почему. Но это еще ничего. Приехав сюда, меня без всякого допроса и обвинения арестовали и посадили в тюрьму. Сижу и не знаю, за что арестован. Я написал заявление в областной совет, прося меня освободить и разрешить выехать к больной матери в Петроград. Всею душой надеюсь скоро вас повидать и обнять. Бедную маму не пугай моим арестом, она стара, и надо ее беречь. Скажи ей только, что, Бог даст, я скоро ее увижу».
В заявлении на имя Белобородова Долгоруков писал: «Сего числа, прибыв в Екатеринбург, меня арестовали и посадили в тюрьму № 2. Ввиду того, что мне не предъявлено никакого обвинения, я прошу меня освободить и дать возможность поехать к больной матери в Петроград».
4 мая Белобородов ответил Долгорукову, что он арестован «на основании общественной безопасности».
В повторном заявлении арестованный указал, что он этого не понимает, так как «всегда был далек от политики». Поняв, что в Петроград его, конечно, не отпустят, Долгоруков просил перевести его в «дом особого назначения»: «Во имя человеколюбия не откажите это исполнить. С совершенным почтением, гражданин Долгоруков». «Исполнено» не было. В тюрьме Долгоруков был расстрелян.23 мая 1918 года матрос П. Хохряков доставил в Екатеринбург остальных членов семьи Николая II и некоторых из числа окружения и прислуги. В «дом особого назначения» допустили повара И. Харитонова, «дядьку» Алексея – матроса К. Нагорного и племянника И. Седнева – поваренка Леню Седнева. На другой день Чемодурова заменили на прибывшего 23 мая лакея Николая II А. Труппа, а Нагорного и И. Седнева забрали в конце мая, после чего назад они уже не вернулись (были расстреляны). Остальных прибывших либо отправили в тюрьму, где они позднее тоже были расстреляны, либо некоторым разрешили поселиться в городе.