Феодосий не мог похвастаться хорошими отношениями со своим западным коллегой Грацианом, но Грациан вскоре (в 383 г.) погиб от руки британского узурпатора, Магна Максима. Магн Максим разорил Галлию и поначалу получил признание Феодосия, но когда в 387 г. он внезапно вторгся в Италию, Феодосий, умело используя германские и гуннские войска, победил его в Сисции и Поэтовионе, а потом обезглавил в Аквилее. Феодосий оставался в Италии три года, но потом, под жестоким давлением, был вынужден уйти с западной оконечности данувийской границы и оставить ее широко открытой для германских поселенцев. С другой стороны, в то же время (или даже немного раньше) диоцезы Дакия (Верхняя Мезия) и Македония, вместе с монетным двором в Фессало-нике перешли из Восточной империи в Западную под новым названием — преторианская префектура Иллирик. Таким образом, отныне европейская граница между Западной и Восточной империями пролегла от Сирмия и Сингидуна на юг, до Адриатики.
Феодосий вернулся в Константинополь, фактически оставив управление Западом в руках своего главнокомандующего, германца Арбогаста. Арбогаст пытался утвердить свою независимость, создав марионеточного западного императора в лице Флавия Евгения, бывшего учителя латинской грамматики и риторики, который возвысился до звания управляющего имперским секретариатом (magister зсппИ) и имел поддержку франков. Но в 394 г. Феодосий разбил их армию на реке Фри-гид и убил Евгения. Теперь он правил всей Империей, как Восточной, так и Западной. И все же воссоединение двух частей оказалось шатким и недолговечным, потому что спустя пять месяцев, в январе 395 г., Феодосий умер.
Он заслужил звание «Великий» из-за своей глубокой приверженности христианству. На самой ранней стадии своего правления, во время тяжелой болезни он принял крещение. В 380 г. Феодосий объявил, что религия, основанная на никей-ском символе веры и исповедуемая папой Дамасом и епископом Александрийским, — единственная правильная религия. В следующем году он приказал передать все церкви в руки католических епископов, чьи притязания на право называться католиками должен был определять он сам. Тем не менее дела шли вовсе не так гладко: сто пятьдесят епископов, которых он созвал, отказались признать его кандидата на папский престол этого города, и ему пришлось выбрать другого из предоставленного ему недлинного списка.
Кроме того, Феодосий предпринимал суровые действия в отношении еретиков, на которых с 380 г. обрушилась непрерывная череда репрессивных законов. Один из эдиктов вообще запрещал обсуждение любых религиозных вопросов — тем самым была предпринята попытка лишить людей одного из их любимейших занятий. Манихейцы (дуалисты, признававшие силу Тьмы наряду с силой Света), которых уже преследовали предшественники Феодосия, были зачислены в ряды прочих еретиков и загнаны в подполье; только к иудеям некоторое время относились с большим либерализмом, потому что Император был приятелем их патриарха, Гамалиила VI. Позиция Феодосия по отношению к иудеям поначалу была неопределенной. Им не мешали совершать жертвоприношения, но, с другой стороны, им фактически запретили обращаться к прорицателям. Хотя Феодосий не смог предотвратить разрушение их храмов враждебно настроенными христианами, поначалу он сам не закрыл ни одного храма. Это неожиданно произошло в 391 г., когда каждая форма языческого поклонения была запрещена — под угрозой ужаснейших наказаний. Проникнувшись мыслью о мести — обостренной к тому же восстанием Евгения, который, хотя и называл себя христианином, сочувствовал возрождению язычества — Феодосий полагал, что должен воздать язычникам должное за те преследования, которым они подвергали первых христиан.
Эти меры широко поддерживал Амвросий, епископ Меди-оланский, с 387 г. оказывавший огромное влияние на Феодосия. В следующем году он заставил императора не наказывать никефорийского епископа Каллиника в Месопотамии, который сжег синагогу. Он отказался проводить мессу, пока Феодосий не отменит наказания (а также приказа заново отстроить синагогу). Потом, в 390 г., Феодосий организовал избиение в Фессалонике, чтобы отомстить за самосуд, устроенный в цирке главнокомандующим Иллирика, Бутериком, засадившим в тюрьму популярного колесничего; но Амвросий отказал императору в причастии, пока он не выполнил епитимью. Это были две исторические победы церкви над государством. Неудивительно, что даже антихристианский философ и жрец Евнапий заявил, что при Феодосии I «наша эпоха подвергается риску, потому что дураки перебрасываются ею, словно мячом». Другой язычник, Зосима, рассматривал насильственную христианизацию Империи как прямую причину падения Рима, которое последовало вскоре после этого и было возмездием Олимпийских богов, возмущенных политикой императора.