Так это было или нет, Стилихон был, конечно, намерен пересмотреть границы между двумя империями, установленные Феодосием I. Его целью было вернуть префектуру Илли-рик, богатую людскими ресурсами, Западу, что означало новую оккупацию Балканского полуострова и фактически оставляло Восточной империи только Фракию. Поэтому Стилихон отправился с войсками в Северную Грецию — очевидно, для того, чтобы противостоять вестготам Алариха; но Руфин, действуя за Аркадия, обиделся на него за это вмешательство и безапелляционно приказал ему отступить. К удивлению многих, Стилихон подчинился этому приказу, оставив готского военачальника Гайну во главе нескольких легионов, которые должны были быть возвращены Аркадию. Гайна повел свои войска в Константинополь, где Аркадий и Руфин встретили и приветствовали их. Как отметили враги Руфина, на этой встрече он был одет более пышно, чем его господин, и предположили, что его тут же назначат августом. Случилось иное — на Руфина напали и закололи его. Почти наверняка этот акт был подготовлен Стилихоном при участии (или без оного) Гайны: Клавдиан публично поздравил Стилихона с этим убийством. И все же это пробило роковую брешь в единстве Восточной и Западной империй.
Пост Руфина, как самого влиятельного министра на Востоке, занял Евтропий. Он держал префектов претория Аркадия под неусыпным наблюдением. Но все надежды на сотрудничество с Западной империей, которые могли появиться, очень скоро исчезли. Поначалу, когда Восток все-таки пригласил Стилихона возобновить военные действия против Алариха в Греции в 397 г., он почему-то позволил этому вестготу ускользнуть из его рук. Пораженный столь необъяснимым поведением, Евтропий объявил западного военачальника врагом общества; и все же сам он в то же самое время почувствовал необходимость умиротворить Алариха, назначив его главнокомандующим на Балканах — шаг, который вызвал великое недоумение на Западе.
В том же году мятеж в североафриканских провинциях послужил новым поводом для взаимного озлобления. Его вдохновителем был Гилдон, которого сделали главнокомандующим этого региона, несмотря на то, что бунтовщиком был его брат Фирм. Гилдон выступил против западного правительства, присягнув при этом Аркадию. Это обещало катастрофические последствия для Запада, потому что Африка была основным источником поставок зерна в Рим. С другой стороны, Евтропий смотрел сквозь пальцы на этот мятеж, за что подвергся яростным нападкам Клавдиана, сожалевшего, что евнух достиг столь высокого поста, и побуждавшего Стилихона свергнуть военным путем его режим в Константинополе. Однако Стили-хон не стал действовать в открытую, предпочтя более завуалированную форму переворота, свержение и изгнание Евтропия, последовавшее в 399 г., можно с уверенностью считать делом его рук или, по крайней мере, непрямой поддержки.
Восточное правительство теперь перешло сначала в руки Тайны, в 400 г., на шесть месяцев, а потом — в руки сильной и импульсивной жены Аркадия, Элии Евдоксии, которая была провозглашена августой. В следующем году она почувствовала себя достаточно сильной, чтобы отплатить Стилихону. С ее поддержкой Аларих перенес свои враждебные действия с Восточной на Западную империю и даже появился в пределах самой Италии. У Евдоксии появилась возможность навредить Стилихону, потому что она поняла его намерение отнять Ил-лирик. В 405 и 406 гг. этот замысел был ненадолго отсрочен из-за вторжений германцев, но в следующем году Стилихон подготовил окончательные планы для вторжения в Балканские провинции, подучив Алариха занять побережье Греции от имени Гонория. Но этот проект также пришлось отложить, на сей раз из-за восстания в Британии.
В эти годы в восточной столице большой размах приобрел конфликт между императрицей Элией Евдоксией и святым Иоанном Хрисостомом («Златоустом»), бескомпромиссным епископом, или патриархом, Константинополя. Озабоченный более поведением людей, чем их богословскими пристрастиями, Иоанн страстно порицал богатых и могущественных, и Евдоксия вскоре почувствовала, что ее собственное роскошное существование было истинной целью большинства его нападок. Если в 401 г. епископ еще кое-как сдерживался и даже окрестил Евдоксию и сына Аркадия, Феодосия II, то в следующем году он вызвал ее бурный протест своей гневной женоненавистнической проповедью, в которой недвусмысленно сравнивал ее с Иезавелью, великой библейской злодейкой. Под влиянием Евдоксии многочисленные враги Иоанна заставили восточного императора создать комиссию, с целью обвинить епископа в неправильном поведении. Комиссия признала Иоанна виновным и сместила его, и Аркадий объявил о его изгнании. В 403 г. Иоанн перебрался в Малую Азию, но только после того, как обозвал императрицу Иезавелью и Иродиа-дой в специальной проповеди. Его и Евдоксию уговорили помириться, и он смог вернуться, но ненадолго. Вскоре, в 404 г., Иоанн снова отправился в изгнание, и потом узнали, что он умер, проведя три года в отдаленных местах.