По-иному складывались взаимоотношения московского князя с митрополитом Феогностом. В частности, Семён и другие князья добивались, чтобы русская церковь наравне со светской властью несла финансовые повинности в пользу Орды. Ведь ордынцы освободили русскую церковь от дани. Они отличались большой веротерпимостью, и до эпохи Узбека некоторые из потомков Чингисхана даже исповедовали христианство, правда, несторианского толка. Однако Феогност сумел добиться у Джанибека подтверждения льгот для церкви и даже получить от жены хана Тайдулы указ, обращенный к русским князьям. В нем говорилось, что митрополит не только является духовным главой Руси, но также и «молебником» за хана и его семью (несмотря на официальное принятие в Орде ислама), а все конфликты между светскими и церковными властями надо решать на совместном суде. Попытка подчинить церковную власть светской, если я не ошибаюсь, первая за постмонгольский период, провалилась. Окончательно добьется этого только Петр Великий, а полностью завершит процесс Екатерина II.
Жена Семёна — дочь Гедимина скончалась 11 марта 1345 года, и он женился вторично, на дочери смоленского князя Фёдора Святославича — Евпраксии. Но тут случилось нечто совершенно с точки зрения тогдашних норм жизни удивительное. Брак закончился разрывом. Причины этого так до конца и не ясны. Говорили, что, когда Семён входил к жене в спальню, она казалась ему мертвой. Может быть, таким образом древнерусские книжники указывали на холодность супруги князя? Как бы то ни было, в 1346 году Евпраксию отправили обратно к отцу. Фёдор смоленский дочь назад принял, причем не высказал ни малейшего возмущения. Видно, сила Семёна была действительно велика, если даже прямое оскорбление княжеской семьи сошло ему с рук. Весной 1347 года Семён женился в третий раз. Московской княгиней стала княжна тверская Мария, дочь несчастного тверского князя Александра Михайловича, убитого в Орде в 1339 году. Так дети двух врагов — Калиты и Александра — соединили свои судьбы.
Конечно, этот брак носил политический характер и был призван урегулировать отношения Москвы и Твери. В это время Тверь, обескровленная предыдущими трагическими событиями и управлявшаяся младшим Михайловичем — Константином, женатым на двоюродной сестре Семёна — Софье Юрьевне (княжил до 1346 года, затем тверским князем стал князь Всеволод Александрович Холмский, а после еще один сын Михаила — Василий), фактически находилась в фарватере московской политики. Можно сказать, что на некоторое время Москва одержала верх в упорной борьбе и стала наиболее сильным русским княжеством среди прочих земель Северо-Восточной Руси. Но в третий раз жениться князю не полагалось. Это противоречило всем церковным канонам. Поэтому митрополит Феогност отказался благословить Семёна на этот брак и «церкви затвори». Тогда московский князь воспользовался тем, что русская церковь в административном отношении не являлась самостоятельной, а подчинялась Константинопольскому патриархату, то есть Византии. Он напрямую обратился к высшему арбитру — патриарху Константинополя и отправил ему свою просьбу, сопроводив ее богатыми подарками. Разумеется, владыка согласился и благословил этот брак.
С конца 1340-х годов отношения Москвы с Литвой начали постепенно ухудшаться. Сын Гедимина Ольгерд пытался договориться с ханом Джанибеком о совместных враждебных действиях по отношению к Москве. Возможной причиной такой напряженности стал поворот политики Ольгерда в сторону Твери, чему способствовал его брак с тверской княжной Ульяной, дочерью Александра Михайловича. Однако хан не пошел на провокацию и выдал литовских послов в Москву. В 1350 году Ольгерду пришлось пойти на мировую и отправить в Москву посольство. Вскоре прежние взаимоотношения двух государств были восстановлены. Вообще же Семёну Ивановичу в течение всего своего правления удавалось сдерживать конфликты как между русскими княжествами, так и с другими соседними государствами. Он обладал большим авторитетом, и, как писал историк А. В. Экземплярский, «умел дать почувствовать не только русским (Северо-Восточной Руси), но и русско-литовским князьям свою силу и энергию умного человека». Удельные князья ни разу не противоречили Семёну. Пользовавшийся полным доверием хана московский князь был главным арбитром для них, даже литовские князья спрашивали у него разрешения, когда собирались жениться на русских княжнах других династий.
В 1351 году Семён вместе с братьями совершил поход на Смоленск, причины которого не совсем ясны. На реке Протве к московскому князю прибыло посольство литовцев, заключившее, вероятно, мир. Затем Семён дошел до реки Угры (где в 1480 году произошло знаменитое «Великое стояние»). Сюда подошли послы смоленского князя, с которыми был также заключен мир, а московская рать вернулась назад. Так, практически во все время правления Семёна и не было ни одного крупного военного столкновения, ни одной войны с другими княжествами или соседними странами.