Для подготовки Земского собора «Совет всей земли» разослал на места соответствующие грамоты. В столицу стали съезжаться представители различных уездов, городов и сословий. По некоторым сведениям, на соборе присутствовали даже выборные от черносошных, то есть государственных крестьян.
Этот Земский собор был самым представительным из всех Земских соборов. Он начал свою работу в январе 1613 года. Возникло несколько претендентов на престол. Некоторые из них принимали самое активное участие в событиях Смуты. Среди других выделялись руководители Семибоярщины князья Ф. И. Мстиславский, И. М. Воротынский и В. В. Голицын, главы обоих ополчений князья Д. Т. Трубецкой и Д. М. Пожарский. Появилась и малоподходящая кандидатура «царевича» Ивана, того самого «ворёнка», родителями которого были Лжедмитрий II и Марина Мнишек. Некоторые, видимо, вспоминая старые времена, предлагали сыновей татарских ханов. Другие считали, что нужно пригласить государя из иностранных земель. Пусть уж лучше будет царь «природный», а не бывший государев слуга. Так заговорили о несостоявшихся русских правителях — польском принце Владиславе и шведском Карле Филиппе.
За избрание разгорелась нешуточная борьба. Некоторые претенденты не скупились, чтобы привлечь к себе сторонников. Так, князь Трубецкой чуть ли не ежедневно на своём дворе устраивал щедрые пиры для казаков. В полтора месяца у него перебывало несколько десятков тысяч (!) человек. Казаки охотно угощались, но сами в душе посмеивались над расточительностью «хлебосольного» хозяина. На 20 тысяч рублей опустела мошна князя Пожарского. Другие претенденты тоже не отставали от них.
Но выбрали московским царём всё-таки совсем другого человека. Того, у кого и в мыслях не было претендовать на российский престол. 21 февраля 1613 года собор избрал на царство 16-летнего Михаила Фёдоровича Романова, сына того самого Филарета (в миру Фёдора Никитича Романова), который когда-то принял постриг по приказу Годунова, потом побывал в Тушинском лагере, а теперь находился в польском плену. Почему же выбор остановился именно на Михаиле?
Юный Михаил Фёдорович приходился роднёй последнему царю из династии московских Рюриковичей — двоюродным племянником Фёдору Иоанновичу. Романовы пользовались немалой популярностью, прежде всего в среде казачества. Казаки верили, будто царь Фёдор передал престол отцу Михаила — Фёдору Никитичу, но трон узурпировал Годунов. Потом пошла череда «беззаконных» царей, и вот теперь всё следовало вернуть к прежнему порядку. Так что в избрании Михаила казачество сыграло важную роль.
Помимо родства с царским родом Михаил Фёдорович имел и другие «достоинства». Он не был связан ни с какими политическими группировками времён Смуты и поэтому устраивал всех. Кроме того, молодой царь боярам казался не опасен. Один из бояр даже говорил: «Миша Романов-де молод, умом ещё не дошёл и нам будет поваден». Бояре надеялись, что им без труда удастся управлять неопытным самодержцем. Избрание нового царя сулило долгожданное умиротворение и надежды на то, что не будет опал и ссылок, всё пойдёт по-старому, и жизнь вернётся в привычную колею.
Так в феврале 1613 года на русском престоле оказалась новая династия — Романовых. Узнав об избрании Михаила Фёдоровича, князь Трубецкой свалился в тяжёлом недуге: «Лицо у него с кручины почернело и лежал три месяца, не выходя из двора своего».
Сам Михаил Фёдорович вместе с матерью инокиней Марфой находился в это время в Ипатьевском монастыре под Костромой, оправляясь от тяжёлой жизни в период Смуты. Туда и прибыли посланцы Земского собора. Марфа никак не хотела отпускать сына на царство. Она помнила о судьбе его предшественников, боялась за своё чадо и только после долгих уговоров дала согласие. Вскоре Михаил с матерью отправились в Москву. По пути к ним стекался разный люд, видя в новом царе своего заступника. 11 июля 1613 года Михаил Фёдорович Романов был торжественно венчан на царство в Успенском соборе Московского Кремля. В церемонии приняли участие видные деятели той бурной эпохи: два члена Семибоярщины князь Ф. И. Мстиславский и дядя царя И. Н. Романов, руководители ополчений князья Д. Т. Трубецкой и Д. М. Пожарский. Так начиналась новая историческая эпоха.
Рюриковичи сыграли большую роль в событиях Смуты. Одному из них удалось на четыре года занять русский трон. Но судьба не дала шанс новой династии — князей Шуйских. Столь же неудачным оказались и попытки других князей Рюриковичей привлечь на свою сторону участников Земского собора. А казалось бы, кто ещё, как не князь Пожарский, например, был достоин этого? Но главное состояло в другом. Потомки Рюриковичей уже не воспринимались народом как члены правящей династии. Все они стали лишь подданными, одними из первых, но не равными царской семье — одной их ветви — московской династии. Когда же она пресеклась, более важным оказалось родство именно с последними царями этой семьи, а не происхождение от одного с ними предка. В этом и следует видеть причины неудач русских князей Рюриковичей и успеха семьи Романовых.