С ходу освободить Москву не удалось. Началась затянувшаяся осада, во время которой ополчение развалилось. Причиной тому стали противоречия, возникшие в рядах самих ополченцев. Среди них было много казаков, оттеснённых от управления. Требуя для себя привилегий, казачество постоянно роптало. Противниками казаков оказались дворянские руководители ополчения и прежде всего Ляпунов. По его инициативе в июне 1611 года был принят «Приговор всей земли», восстановивший прежние крепостнические порядки. Слухи о готовящейся расправе дворян над казаками взорвали обстановку. 22 июля 1611 года казаки вызвали Ляпунова на свой круг и убили его. С потерей главного руководителя стало распадаться и всё ополчение. Осада Москвы вяло продолжалась, но в начале 1612 года атаман Заруцкий со своими отрядами ушёл из Москвы в Коломну. Там он встал на сторону Марины Мнишек и «ворёнка». Остальные ополченцы вскоре присягнули вновь появившемуся «царю».
Он объявился в конце 1611 года в Ивангороде, на северо-западной окраине Московского государства. Московский дьякон Матюшка (по другим сведениям, его звали Сидорка) бежал из Москвы в новгородские земли. Здесь, не сумев найти себе пропитания, он решил вступить на опасную стезю самозванства, благо северорусские территории были вдали от московской политики и здесь мало кто мог уличить его в обмане. И Матюшка открыл простодушному люду свою «тайну»: Оказывается, он и есть тот самый царь Дмитрий Иванович, который не погиб в Угличе, не был убит в Москве и даже уцелел от сабли в Калуге. Трижды воскресший «царь Дмитрий» в декабре 1611 года обосновался в Пскове, почему и получил прозвание «Псковский вор».
Слух о новом чудесном спасении «царя» достиг стоявших под Москвой ополченцев. Вскоре в Псков отправилась делегация. Хотя Матюшка, конечно, совсем не был похож ни на Григория Отрепьева, ни на Богданку Шкловского, ни тем более на подлинного царевича Дмитрия, казаки признали в нём царя. В марте 1612 года казачий круг провозгласил Лжедмитрия III московским царём. Самозванство превратилось в откровенный фарс.
Между тем ещё в июне 1611 года польская армия взяла Смоленск. Россия находилась на грани полной катастрофы. Интервенты один за другим отторгали от неё всё новые и новые земли. В западных уездах хозяйничали войска Сигизмунда III. Новгород захватили шведы. В Пскове сидел Лжедмитрий III. В Коломне обосновались Марина Мнишек с сыном-«ворёнком» и атаманом Заруцким. В Московском Кремле бесчинствовал польский гарнизон и окопались остатки Семибоярщины. Под Москвой закрепились ополченцы князя Трубецкого. По всей стране разгуливали шайки разбойников и авантюристов. Управление государством было полностью нарушено. Страна погрузилась в хаос и анархию.
В этих условиях народ вновь нашёл в себе силы подняться. Новое освободительное движение зародилось в Поволжье, крае, наименее затронутом Смутой. В сентябре 1611 года в Нижнем Новгороде посадский староста Кузьма Минин (Минин — это не фамилия, а отчество) призвал народ к освобождению Родины. Под его руководством начался сбор средств и организация нового ополчения. Многие люди отдавали последнее ради спасения Отчизны. Во главе войск ополчения встал Рюрикович — князь Дмитрий Михайлович Пожарский. Местом сбора ратных людей стал Ярославль. Здесь в апреле 1612 года образовался второй «Совет всей земли», были созданы приказы для управления страной.
Население многих русских городов деятельно участвовало в создании ополчения. Уже летом 1612 года войска Второго ополчения подошли к Москве, где соединились с остатками Первого, которые возглавлял князь Трубецкой. «Совет всей земли» сложил присягу Лжедмитрию III и с новыми силами начал осаду Китай-города и Кремля, однако польский гарнизон полковника Струся героически сдерживал натиск. Между тем в разорённом Кремле начался голод. Поляки ели собак и ворон. Ещё в феврале 1612 года в заточении от голода скончался патриарх Гермоген.
На помощь осаждённым к Москве двинулось большое польское войско под командованием гетмана Ходкевича. Но в августе под Москвой он потерпел поражение, а в день обретения Казанской иконы Богоматери 22 октября 1612 года был освобождён Китай-город. Впоследствии в память об этом на Красной площади возвели Казанский собор. Вскоре настал черёд и Кремля. 26 октября польский гарнизон сдался. Сначала поляки выпустили небольшую группу русских бояр, жалких остатков Семибоярщины. Её возглавлял князь Мстиславский, который, охая и стеная, представлял себя жертвой произвола захватчиков. Потом вышли и сами польские воины. Москва была освобождена.
Теперь перед «Советом всей земли» встала главная задача — избрать нового государя. Люди устали от бесконечной смуты, они хотели успокоения. С ностальгией вспоминали время царя Фёдора Иоанновича. Образ этого правителя ассоциировался со спокойной и мирной жизнью. Прежний порядок по сравнению со всем пережитым казался счастливой, безмятежной порой. Нужен был новый, законный монарх.