Началась поднадзорная жизнь, поначалу довольно свободная — в пределах Царскосельского парка. Потом режим стал ужесточаться. 31 июля Романовых и обслуживавших их лиц (всего 40 человек) отправили подальше от революционного Петрограда — в сибирский Тобольск. Там их обитание в бывшем губернаторском дворце было относительно спокойным: церковные службы, чтение, уроки с Алексеем, прогулки во дворе, заготовка дров, вечерняя игра в карты и домашние спектакли. Новости об октябрьских событиях в Петрограде и Москве и падении Временного правительства бывший царь прокомментировал так: «Гораздо хуже и позорнее событий Смутного времени». Его терзало то, что «подлецы-большевики» заключили мир с Германией; получалось, что отречение было напрасным — ни успокоения, ни победы над врагом его жертва не принесла. У царя потребовали снять погоны. «Этого свинства я им не забуду!» — в сердцах записал он в дневнике.
Между тем новое правительство приняло решение перевести царское семейство в Екатеринбург, чего желали и уральские большевики. 30 апреля 1918 года московский уполномоченный В. В. Яковлев сдал Николая Уральскому областному совету. Скоро вся семья собралась в печально известном доме купца Ипатьева, где для неё был установлен тюремный режим содержания. 6 мая бывший царь встретил свой пятидесятый день рождения: «...посидели час с четвертью в саду, грелись на тёплом солнышке». Комендант Ипатьевского дома и член ОблЧК Яков Юровский описал своих подопечных: