В начале 1998 года комиссия завершила работу, и 27 февраля правительство России приняло решение похоронить останки бывшего царя и его семьи в Екатерининском приделе Петропавловского собора Санкт-Петербурга. Накануне в Свято-Даниловом монастыре было принято определение по докладу члена Государственной комиссии митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия:
«По имевшемся суждении Постановили:
1. Принять к сведению информацию о решениях Государственной Комиссии по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков Российского Императора Николая II и членов его семьи, от 30 января 1998 года.
2. Оценка достоверности научных и следственных заключений, равно как и свидетельство об их незыблемости или неопровержимости, не входит в компетенцию Церкви. Научная и историческая ответственность за принятые в ходе следствия и изучения выводы относительно “екатеринбургских останков” полностью ложится на Республиканский центр судебно-медицинских исследований Минздрава России и Генеральной прокуратуры Российской Федерации.
3. Решение Государственной Комиссии об идентификации найденных под Екатеринбургом останков как принадлежащих семье Императора Николая II вызвало серьёзные сомнения и даже противостояния в Церкви и в обществе. Вместе с тем, есть основания считать, что обнаруженные останки принадлежат жертвам богоборческой власти. Известно, что многие из таких жертв были мучениками, исповедниками и страстотерпцами, которые ныне нашей Церковью причисляются к лику святых по мере установления их личностей, биографий и обретения соответствующих житийных материалов. Затянувшаяся процедура криминалистической экспертизы привела к тому, что “екатеринбургские останки” остаются без христианского погребения в течение недопустимо долгого времени.
4. В связи с этим Священный Синод высказывается в пользу безотлагательного погребения этих останков в символической могиле-памятнике. Когда будут сняты все сомнения относительно “екатеринбургских останков” и исчезнут основания для смущения и противостояния в обществе, следует вернуться к окончательному решению вопроса о месте их захоронения...»82
Тем не менее 17 июля 1998 года похороны в Петропавловском соборе состоялись. Президент Борис Ельцин выступил с речью; на церемонии присутствовали члены правительства России, общественные деятели, деятели науки и культуры, более шестидесяти членов дома Романовых; но нынешний глава российского императорского дома великая княгиня Мария Владимировна на похороны не приехала и провела этот день с патриархом Алексием II в Троице-Сергиевой лавре. Церемония прошла фактически без участия Церкви; покойных отпевали, не называя имён: «Упокой, Господи, души усопших раб твоих, их же имена Ты Сам, Господи, веси», — что означало непризнание Церковью аутентичности погребаемых останков. В тот же день во всех храмах были отслужены панихиды по безвинно убиенным Николаю II и членам его семьи.