В 1682 году 25-летняя Софья стала одним из активных участников начавшейся вокруг трона борьбы — и сумела стать настоящим лидером. Она не испугалась диспута о вере, устроенного в Грановитой палате по инициативе Хованского и вождей старообрядцев. Прения едва не перешли в драку, и лишь вмешательство Софьи спасло учёного холмогорского архиепископа Афанасия от побоев. Раскольники поносили память государей Алексея и Фёдора, а когда царевна запротестовала, старообрядцы-стрельцы заявили: «Пора, государыня, давно вам в монастырь, полно царством-то мутить!» Но Софью трудно было запугать; она знала, что сами стрельцы зависят от милости двора, и, в свою очередь, пригрозила, что уйдёт с братьями-царями из Москвы в другие города и возвестит народу об их «непослушании и разорении». Угроза подействовала: буйные стрельцы не только отступились от раскольников, но и помогли их арестовать; предводитель старообрядцев Никита Добрынин за свою дерзость поплатился головой. Правительство перешло в наступление: указ 1684 года предписывал всех раскольников, отказывавшихся посещать церкви, «пытать и разыскивать накрепко. <...> которые с пыток учнут в том стояти упорно ж и покорения Святой Церкви не принесут, и таких за такие вины, по трикратному у казни вопросу, будет не покорятся, сжечь». Раскольников били кнутом и ссылали в монастыри, их имущество конфисковывали.
Политика регентши была направлена на удовлетворение дворянских чаяний: она повелела ловить, наказывать и возвращать к господам беглых холопов, в 1683 году разослала сыщиков на поиск беглых крестьян, требовала от землевладельцев регистрации купли-продажи крестьян. Правительство Софьи восстановило отменённые при Фёдоре должности губных старост, указало в 1684 году «справлять» поместья за малолетними наследниками независимо от размеров владения, осуществило земельные пожалования в связи с «Вечным миром» с Польшей (1686).
Вслед за Хованским Софья постепенно отстранила от власти интригана И. М. Милославского. Конечно, Иван Михайлович и его родственники (боярин Матвей Богданович и окольничий Ларион Семёнович) заседали в Думе, но на первое место в правительстве выдвинулся боярин князь Василий Васильевич Голицын. Возглавивший после восстания Посольский приказ (и связанные с ним Малороссийский, Великой России и Смоленский приказы), князь в октябре того же года был пожалован почётным титулом «царственные большие печати и государственных великих посольских дел оберегатель». В 1682 году он возглавил военные Иноземский, Рейтарский и Пушкарский приказы и финансовые Новгородскую, Галицкую, Владимирскую и Устюжскую четверти. Главное военное учреждение, Разрядный приказ, оказалось под началом думного дьяка Василия Семёнова, которого Софья выбрала «не из знатных», «чтобы подлежал к ней и князю Голицыну». Стрелецкий приказ попал в руки ещё одного сторонника царевны — дьяка Фёдора Шакловитого, которого она сделала думным дворянином и окольничим. Таким образом, к концу года Софья и Голицын сосредоточили в своих руках руководство дипломатией и вооружёнными силами государства.
После продолжавшейся несколько месяцев столичной «смуты» наступила некоторая стабильность. Однако в стране сложилась необычная конфигурация верховной власти: на месте самодержавного «великого государя» оказались две номинальные фигуры — единокровные братья, за каждым из которых стояла соперничавшая родня. При отсутствии авторитетного правительства и без того нехарактерная для московской традиции роль регента перешла к ещё более нетрадиционной дамской персоне — энергичной и властной, но всё же не царице-матери, а «девке»-царевне. Прибывший в 1684 году в Москву с саксонским посольством Георг Шлейсингер в своём сочинении отвёл ей ведущую роль в управлении: «Оба они (цари. —
Понять и вправду было мудрено, ибо девица не могла официально председательствовать в Думе, издавать указы, требовать доклада от бояр и дьяков, официально решать судебные и прочие дела. Ей нужны были надёжные и влиятельные помощники. «Боярин князь Василий Васильевич Голицын вступил в великую её, царевнину, и в крайнюю к ней милость, и для управления государственных и иностранных дел повелено ему ведать Посольский приказ», — указывал позднее петровский вельможа и сын убитого стрельцами боярина Андрей Артамонович Матвеев. Другой столь же знатный современник, дипломат Борис Иванович Куракин, утверждал: «...понимали все для того, что оной князь Голицын был её весьма голант; и всё то государство ведало и потому чаяло, что прямое супружество будет учинено». А упомянутый выше де Невилль впервые употребил применительно к Василию Васильевичу уже привычный для Франции термин «фаворит».