При этом князь боялся, как бы чувства царевны к нему не переменились, а потому клал ей «в ествы для прилюбления» какие-то «коренья». Трудно сказать, насколько опасения князя были обоснованными, — Софья не очень-то скрывала их отношения и даже подарила «моему свету Васеньке» «кровать немецкую ореховую, резную, резь сквозная, личины человеческие и птицы и травы, на кровати верх ореховый же резной, в средине зеркало круглое»... Но как бы то ни было, царевна вышла на политическую арену и стала открыто заниматься делами, о которых до неё женская половина царской семьи даже не помышляла.
Вслед за Софьей к новой жизни потянулись другие царевны, хотя яркая фигура правительницы явно их заслоняла. Однако за «эмансипацию» в виде нарушения вековых традиций приходилось дорого платить. Близкие отношения царевны сперва с князем Голицыным, потом с Шакловитым создали ей дурную репутацию: пошли слухи о том, что Софья «была блудница и жила блудно с боярами, да и другая царевна, сестра ея... и бояре ходили к ним, и ребят те царевны носили и душили, и иных на дому кормили».
В 1689 году правительница своим указом «помиловала» мужеубийцу «жёнку Палашку»: повелела не закапывать её живой в землю, а отсечь голову и впредь так же поступать с подобными преступницами. При ней же была, наконец, открыта первая высшая школа России — Славяно-греко-латинская академия. Пышные стихи Сильвестра Медведева увековечили это событие; в них воздаётся хвала Премудрости и царевне Софье (само имя по-гречески означает «премудрость») — её насаждательнице на Руси: «...царством дивно управляя... благоволи нам свет наук явити». Любовь царевны к просвещению и заботу о его распространении засвидетельствовали также иноземцы — Софью, на её беду, за это хвалили даже побывавшие в Москве иезуиты, говоря, что она не только не чуждалась латинского Запада, но, напротив, относилась к нему благосклонно. Софья подготовила почву для появления в будущем петровских ассамблей и выхода россиянок «в люди», но сама по иронии судьбы осталась в глазах последующих поколений символом «старины», активно сопротивлявшейся реформам.
Князь В. В. Голицын показал себя не только «галантом» царевны, но и государственным деятелем, ориентированным на реформы и сближение с Западом. В качестве «первого министра», руководителя нескольких приказов, он не только заключил «Вечный мир» с Речью Посполитой, но и вступил в коалицию европейских стран для борьбы с Османской империей. Возглавив русскую армию в походах на Крым, князь военных лавров не стяжал, зато, по сообщениям иностранных дипломатов, разрабатывал планы преобразований, включавшие создание регулярной армии, введение подушной налоговой системы, ликвидацию государственных монополий и даже отмену крепостного права.
Даже сторонник Петра I князь Борис Куракин признавал: «...правление царевны Софии Алексеевны началось со всякою прилежностию и правосудием всем и ко удовольству народному, так что никогда такого мудрого правления в Российском государстве не было. И всё государство пришло во время её правления, чрез семь лет, в цвет великаго богатства. Также умножилась коммерция и всякие ремесла; и науки почали быть возставлять латинскаго и греческаго языку; также и политес возставлена была в великом шляхетстве и других придворных с манеру польского — и в экипажах, и в домовном строении, и уборах, и в столах. И торжествовала тогда довольность народная, так что всякой легко мог видеть, когда праздничной день в лете, то все места кругом Москвы за городом, сходные к забавам, как Марьины рощи, Девичье поле и протчее, наполнены были народом, которые в великих забавах и играх бывали, из чего можно было видеть довольность жития их».
Казалось, положение правительницы упрочилось. При особе старшего царя Ивана Алексеевича в 1683 году, помимо Голицына, находился цвет Думы — бояре Шереметевы, Одоевские, Прозоровские, Милославские, несколько окольничих, думные дьяки. В свите Петра состояли лишь два-три боярина, два окольничих и думные дворяне. Однако «довольность жития» при дворе омрачалась безрадостной перспективой: с годами слабость и болезненность Ивана (он плохо видел и явно отставал в развитии) становились всё более заметными, тогда как живой и энергичный младший брат со временем имел бы полное право не только царствовать, но и править. Посетивший Москву в 1684 году имперский гонец Иоганн Эберхард Хевель утверждал: «Никому не тайна, что старший брат по слабому состоянию умственных и физических сил неспособен к управлению. Это признают сами бояре и частенько об этом вздыхают».