Пётр верил, что «лучшее устроение через советы бывает», и потому требовал коллегиального обсуждения и решения дел. Новая система управления имела ряд преимуществ по сравнению с приказной: чёткое разделение сфер компетенции, действие на всей территории страны, единообразие устройства. Впервые закон устанавливал продолжительность рабочего дня чиновников, круг их обязанностей, размер жалованья и даже отпуска; вводились обязательная присяга и единые правила делопроизводства. Всё это определялось подробными уставами и регламентами, многие из которых сочинил сам царь.
Россия была разделена на губернии (1708), которые, в свою очередь, делились (1719—1720) на провинции, ставшие основными административно-территориальными единицами. Провинции состояли из округов-«дистриктов» во главе с земскими комиссарами, избираемыми местным дворянством. При провинциальном воеводе появились ответственный за сбор налогов камерир, ландбухгалтер, рентмейстер (казначей), ландрихтер (судья), конторы рекрутских и розыскных дел и другие учреждения и должности, подчинённые соответствующим коллегиям; так Пётр пытался создать местные ведомства центральных учреждений. Впервые в истории страны он попробовал отделить суд от администрации — создал систему местных судов, подчинявшихся Юстиц-коллегии и высшей инстанции — Сенату. Для такой работы требовались квалифицированные кадры, которых в России катастрофически не хватало; вакансии заполнялись в основном отставными военными.
Вводя шведскую модель центрального управления, Пётр сознательно отказался от шведского же устройства местного самоуправления — приходов-кирхшпилей, управляемых кирхшпильфогтом вместе с пастором и крестьянскими представителями: «...ис крестьян выборным при судах и у дел не быть для того, что всякие наряды и посылки бывают по указом из городов, а не от церквей, к тому жив уездех ис крестьянства умных людей нет».
Вице-президент Коммерц-коллегии Генрих Фик (это он собирал в Швеции сведения для коллежской реформы) представил Петру проект регламента Главного магистрата, предполагавший введение в России настоящего городского самоуправления — магистратов с координацией их деятельности Главным магистратом. Но Пётр и здесь пошёл своим путём: в городах появились (1721 — 1724) магистраты с избираемыми советниками-«ратманами» и бургомистрами; однако вследствие слабости российского купечества они не были реальными органами управления, подобными западноевропейским, а выполняли главным образом полицейские обязанности: выявляли пришлых людей без «покормёжных писем», выдавали паспорта, организовывали полицейские наряды во главе с десятскими и сотскими, искореняли «праздных и гулящих», «понуждая» их «к каким возможно художествам и ремёслам или работам».
У этого «самоуправления» не было реальных, гарантированных законом источников доходов, что делало невозможным развитие местной экономики и инфраструктуры — поддержку мануфактур и промыслов, развитие «художеств» и торгов, учреждение бирж, ярмарок, школ, богаделен, обеспечение пожарного «охранения», чистоты улиц и ремонта мостов. Прибывший в город со своим отрядом офицер или местный воевода мог отдавать приказания бесправному «бурмистру», а то и поколотить его. Закон предписывал магистратам прежде всего собирать «положенные с них (городских жителей. —
В систему новых учреждений была включена и Церковь, ещё сохранявшая некоторую автономию. В 1721 году патриаршество было упразднено, высшим церковным учреждением стал Святейший синод — «духовная коллегия» из епископов и других священнослужителей, в котором руководящая роль принадлежала сторонникам реформ архиереям Феофану Прокоповичу и Феодосию Яновскому и назначенному царём чиновнику — обер-прокурору. Как и прочие служащие, члены Синода получали жалованье и приносили присягу. Пётр 1 провозгласил себя «крайним судией духовной сей коллегии» и принял титул «Отец Отечества». В глазах традиционно мысливших подданных это был разрыв с древнерусской традицией: получалось, что православный, но светский государь сам себя назначил главой Церкви.
Царь не был атеистом, но в его представлении «духовный чин» должен был под государственным контролем трудиться на «общее благо» так же, как и прочие подданные. В своих указах Пётр обвинял монахов в тунеядстве и утверждал, что люди «бегут в монастыри от податей, а также от лености, дабы даром хлеб есть». Похоже, он считал недопустимым, чтобы в его государстве были люди с другими жизненными ценностями и идеалами.