Служилые люди и казаки стали выступать против соборного руководства: «И приходили на подворье Троицкого монастыря х келарю старцу Авраамию Палицыну многие дворяне и дети боярские, и гости многие разных городов, и атаманы, и казаки, и открывают ему совет свой и благоизволение, принесоша ж и писание о избрании царском». На этих совещаниях у влиятельного келаря и было решено провозгласить царем шестнадцатилетнего Михаила Романова, сына пленённого поляками Филарета. Представитель славного боярского рода, он по молодости ни в какой «измене» не был, а его родичи находились в обоих лагерях — и в Москве, и в Тушине. К романовской «партии» примкнули видные бояре и приказные дельцы: И. В. Голицын, Б. М. Лыков, И. Б. Черкасский, Б. Г. и М. Г. Салтыковы; поддержало её и высшее духовенство — Освященный собор. Против выступали предводители ополчений Д. Т. Трубецкой и Д. М. Пожарский, бывший глава Семибоярщины Ф. И. Мстиславский, воевода князь И. С. Куракин и другие представители аристократии.
Бояре решили было избрать царя жребием по списку из восьми персон, в котором не было имени Михаила Романова. По иронии судьбы династию, призванную восстановить порядок в стране, избрали казаки. Как сообщали шведские лазутчики, именно казаки и «чернь» «с большим шумом ворвались в Кремль к боярам и думцам», обвиняя тех, что «не выбирают в государи никого из здешних господ, чтобы самим править и одним пользоваться доходами страны...»: