Крестовые походы явились переломным событием в истории Византийской империи; они нанесли ей такой удар, от которого она так и не смогла оправиться. История Византии после 1204 г. – это история политического упадка империи, которая просуществовала в качестве сравнительно небольшого по площади государства еще два с половиной столетия. Если в военно-политическом отношении Византия никейского и палеологовского времени была слабым государством, вынужденным постоянно заключать союзы то с европейскими государями, то с османами, чтобы сохранить остатки своих территорий, то в области культуры мы наблюдаем удивительный расцвет. В это время создаются философские и богословские трактаты, шедевры архитектуры и монументальной живописи, при дворах императора и князей собираются кружки интеллектуалов. В XIV в. разгораются исихастские споры, и движению исихазма суждено оказать огромное влияние на духовную культуру славянского мира и Руси.
По мере ослабления Византии происходит укрепление государственной самостоятельности южнославянских государств – Болгарии и Сербии, сопровождающееся провозглашением их церковной независимости от Константинополя и учреждением патриаршеств. На Руси происходят несколько иные процессы: ведь Киев был подчинен Константинополю только в церковном отношении, и это подчинение не влекло за собой какой-либо политической и экономической зависимости. В 1300 г. русская митрополичья кафедра была перенесена во Владимир, а в 1328 г. в Москву. Митрополиты стремились идентифицировать свою политику с политикой московских князей. Борьба за императорский престол, смена императоров и патриархов в Константинополе, а также подъем Великого княжества Литовского определили церковно-политические отношения Византии и Руси в XIV в. С 1362 г. Киев оказался на литовской территории. Все попытки Византии вовлечь Литву в свою орбиту потерпели крах: в 1386 г. сын Ольгерда Ягайло принял римско-католическую веру и женился на польской королеве. В июне 1354 г. митрополитом Киевским и всея Руси был поставлен Алексий, а уже через несколько месяцев после свержения императора Иоанна VI Кантакузина новый патриарх Каллист посвятил в Киеве кандидата Литвы и князя Ольгерда митрополита Романа. Через год или два в Константинополе было решено, что юрисдикция Романа будет ограничиваться Литвой, а Алексий сохранит титул митрополита Киевского и вся Руси. В 1375 г. Константинопольский патриарх Филофей посвятил кандидата Ольгерда, Киприана, в митрополита Киева, Литвы и Руси, что повлекло за собой кризис в отношениях Руси и Византии. Негодование русских князей приняло угрожающий характер после смерти Алексия в 1378 г. Смутное время окончилось только в 1390 г., когда Москва приняла в качестве митрополита Киприана.
Несмотря на очевидный закат империи, византийские государственные и церковные политики продолжали твердо держаться своих традиционных взглядов на устройство восточно-христианского мира. В 1394-1397 гг. Константинопольский патриарх Антоний IV отправил письмо в Москву князю Василию I, обвиняя его в том, что он заставил митрополита опустить имя императора в диптихах Русской церкви. Василий отвечал, что «у нас есть Церковь, но не император», на что получил пространное наставление от патриарха, гласящее, что христианам нельзя иметь Церковь, но не иметь империи; эти понятия неразделимы. Император помазан святым миром, он посвящен как царь и император ромеев, то есть всех христиан. Только император является владыкой ойкумены; остальные правители имеют лишь местное значение. Следовательно, московский князь своим поведением отвергает сами основы христианского закона. В этом документе мы видим редкое по своей категоричности и ясности выражение теории византийской ойкумены, той универсалистской идеологии, которая была унаследована византийцами из Рима и сохранена неизменной на протяжении 10 столетий.