Если общественное мнение обрело голос в России, то в национальных республиках эффект был еще более значительным. Стремительнее всего этот процесс шел в Прибалтийских республиках, сохранивших память о конституционных традициях, существовавших там в период между Первой и Второй мировыми войнами. В Эстонии, Латвии и Литве деятельность общественных активистов началась с требований защиты окружающей среды, обеспечения стабильного статуса национальных языков в литературе и системе образования и свободы вероисповедания. С удивительной скоростью от этих проблем они перешли к фундаментальному вопросу о законности присоединения их республик к Советскому Союзу. По случаю национальных праздников & городах устраивались грандиозные демонстрации. Ораторы, выступавшие на них, требовали обнародования секретных советско-германских протоколов от 1939 г. Поскольку пакт Молотова — Риббентропа был впоследствии аннулирован, то они считали, что с точки зрения международного права включение Прибалтики в состав СССР также незаконно. Аргументы такого рода объединяли бывших диссидентов-националистов с реформаторами из числа местных компартий. Для ведения публичной агитации и организации предвыборной кампании они создали Народные фронты в Прибалтийских республиках и в Молдавии. Эти организации оказались крайне эффективными в объединении разрозненного общественного мнения, которое имело только одну единую основу — неприятие русского господства и политической монополии коммунистов.
На Украине Народный фронт появился гораздо позже. В 1987 г. неформальный Культурологический клуб заявил, что украинский язык постепенно вытесняется из литературы и образовательной системы русским языком. Активисты фронта также требовали обнародования полной и достоверной информации о голоде на Украине в 1932—1934 гг. и восполнения других пробелов украинской истории. В Белоруссии обнаружение массовых захоронений близ столицы республики Минска привело к созданию неформального объединения «Мартиролог», которое выступило с предложением возвести мемориал жертвам сталинских репрессий и провести всеобъемлющее расследование совершенных в те годы преступлений. Как на Украине, так и в Белоруссии оппозиция называла русских и коммунистов главными виновниками страданий своих народов. Это относилось даже к чернобыльской катастрофе, хотя как раз она и не имела никаких этнических корней.
В 1986 г. Горбачев в рамках проводимой им антикоррупционной кампании снял Кунаева с должности Первого секретаря ЦК Компартии Казахстана и поставил на его место русского Геннадия Колбина, доверив ему, по русской пословице, функции «новой метлы, которая по-новому метет». Казахи восприняли это назначение как национальный вызов, и в столице республики Алма-Ате вспыхнули массовые беспорядки. Закрепление принципа «покровитель — протеже» в качестве основы системы политического контроля придало конфликту одновременно личностный и этнический характер сразу после того, как этот контроль был ослаблен. Национальное покровительство, являвшееся в течение долгого времени обычной практикой в СССР, способствовало укреплению мнения, что все беды происходят из-за «злостного поведения» другой нации, и вызвало к жизни тенденцию переводить все проблемы в плоскость межнациональных конфликтов.
Такой же процесс наблюдался и на Кавказе. В Армении ситуация стала буквально взрывоопасной. Вскоре все протесты сфокусировались на проблеме Нагорного Карабаха, горной области на востоке Армянской ССР, которая в 1921 г. была передана Азербайджану. Был создан Карабахский комитет, несколько напоминавший Народный фронт Прибалтийских республик. Разветвленная система покровительства и знакомств, процветавшая в Азербайджане, нарушала равноправие карабахских армян и азербайджанцев в пользу последних, хотя армяне составляли три четверти всего населения Нагорного Карабаха. В январе 1988 г. в Москву было направлено заявление, под которым стояли десятки тысяч подписей, с требованием провести в этой автономной области референдум о будущем статусе Карабаха. За этим последовали массовые манифестации в Ереване и самом Карабахе. Горбачев призвал народ Армении к спокойствию, пока партия примет решение по этому вопросу. Демонстрации прекратились, но спокойствие не наступило. 28 февраля в одном из промышленных городов Азербайджана, Сумгаите, где проживало много армян, разразились массовые беспорядки. В течение двух дней, пока для наведения порядка в Сумгаит не прибыли армейские подразделения, улицы города находились в руках националистов-головорезов. В результате погибло около тридцати человек, по большей части армян.