Сразу после создания этих организаций внутри них наметились серьёзные разногласия между представителями восточноевропейских и западных стран определяемые развернувшейся в это время политикой «холодной войны». Принятое ими совместное решение о проведении, начиная со следующего года, Всемирных фестивалей молодёжи и студентов с обширной спортивной программой начало претворяться в жизнь в Праге, но вскоре перестало поддерживаться лидерами западноевропейских и американских студенческих организаций из-за различного представления о целях и задачах фестивалей. Инициатором выделения студенческих спортивных игр из ВФДМ и МСС стала группа сотрудников департамента физического воспитания и спорта МСС. Под предлогом сохранения «чисто студенческих» соревнований параллельно с проведением II Фестиваля в Будапеште они предложили организовать в том же 1949 году летнюю международную спортивную неделю. Для этой цели на конференции западноевропейских студенческих союзов в Люксембурге в 1948 году было выдвинуто предложение создать Федерацию университетского (студенческого) спорта (ФИСУ – FISU). Местом проведения первой Недели был выбран альпийский итальянский городок Мерано на границе с Австрией с преимущественно немецким населением. Несмотря на участие лишь некоторых западных стран спортивная программа Фестиваля в Будапеште прошла с большим успехом, что трудно сказать относительно прошедшей в 1949 году по пяти видам спорта (лёгкой атлетике, фехтованию, теннису, баскетболу и футболу) спортивной недели в Мерано, зафиксировавшей второй раскол в мировом студенческом спорте. Тем не менее, именно в Мерано CIE была реорганизована в FISU и избран её первый президент – люксембургский математик и дипломат профессор Пауль Шляймер, активно поддерживающий демократическую программу развития международного спорта в духе олимпийских идей в то время официально не разделяемых руководством СССР.
В течение следующих восьми лет студенческий спорт оказался расколот на два течения – восточное, включавшее социалистические страны, и западное. В странах социализма спортивные турниры проводились в программах Всемирных фестивалей молодёжи и студентов (III в Берлине в 1951 году, IV в Бухаресте в 1953, V – в Варшаве в 1955, VI – в Москве). Самым грандиозным и впечатляющим стал Фестиваль 1957 года в Москве с его обширной программой соревнований, во многом повторявшей олимпийскую. К этому времени СССР не только вступил в олимпийское движение (1951), но и добился выдающихся побед на трёх олимпийских играх.
Спортивная программа фестиваля большей частью проходила на построенном год назад лучшем стадионе страны в Лужниках, вмещавшем 100 тысяч зрителей. Советские спортсмены почти во всех видах программы были представлены национальными сборными, в составе которых выступали не только представители профсоюзных спортивных обществ, но также армейцы и динамовцы. В составы команд по гимнастике и плаванию были включены и школьники. Уровень соревнований был очень высоким, вполне сравнимым с прошедшими полгода назад олимпийскими играми в Мельбурне, многие участники которых соревновались на большой арене и многочисленных спортивных площадках спортивного комплекса Лужников.
Так как наши спортсмены выступали во всех видах программы, общее количество завоёванных ими медалей намного превосходило трофеи остальных команд. Вход на арены был свободным. Сейчас это кажется удивительным, но при совершенно незначительной представительности «служб безопасности» хулиганских проявлений как-то не было заметно. Атмосфера на трибунах была праздничной и совсем не агрессивной.
В те годы в западной Европе продолжалось проведение спортивная недель с участием только западноевропейских стран; вторая неделя проводилась в 1951 году в Люксембурге; третья – в 1953-м в Дортмунде (Федеративная республика Германии); четвертая – в 1955 году в Сан-Себастьяне (франкистская Испания). ФИСУ продолжила также организацию зимних комплексных соревнований под аналогичным названием. Первая зимняя неделя прошла в 1951 году в Бадгастайне (восточная Австрия), вторая – в 1953-м в Санкт-Морице (Швейцария), третья – в 1955-м в Яхорине (Югославия, Босния), четвертая – в 1957 году в Оберамергау (Германия, Бавария), пятая – в 1959 году в Целль-ам-зее (восточная Австрия), которые прошли на парижском стадионе «Шарлети» с участием 32 стран.
Постепенно соревнования ФИСУ обретали популярность, их программа и количество участников уверенно росли. В 1957 году было принято решение о переименовании «недель спорта» во Всемирные университетские игры.