Студенческие беспорядки, а также сведения о том, что террористы и революционеры пополняют свои ряды за счёт университетской молодёжи, серьёзно беспокоили власти. Обеспокоенность особенно возросла после того, как в 1866 году студент Каракозов попытался застрелить императора. Однако выхода из создавшегося положения не было, так как для подготовки будущих квалифицированных чиновников и специалистов государство не могло обойтись без университетов, пользующихся интеллектуальной свободой. Против своей воли государство поощряло развитие тех качеств, которые представлялись потенциально опасными для империи: независимость мышления, стремление к истине, способность критиковать и ставить под сомнение правомерность существующего порядка. И всё же в 1884 году правительство приняло новый Университетский Устав, согласно которому назначением ректоров, деканов и профессоров занималось Министерство образования; кроме того, расширялись полномочия инспекторов и их власть как над учащимися, так и над преподавателями. Увеличили приёмную плату, чтобы ограничить приём студентов из низших сословий; вводилось обязательное ношение формы — в случае уличных беспорядков студентов было легко распознать. Так режим оградил наиболее успешные институты гражданского общества частоколом надзирателей и шпионов.
Несмотря на все трудности, российские университеты продолжали поддерживать дух преданности учению и этику служения науке на достойном уровне, что неизбежно означало ожесточённую защиту интеллектуальной свободы. Именно благодаря этому научный уровень российских университетов оставался высок так же, как и студенческая активность. Университеты являлись микрокосмосом, где свобода, равенство и космополитизм вызывали спонтанный республиканизм или идеалистический социализм. Многие выпускники, попадая из этой искренней, дружеской атмосферы в закрытый иерархический мир бюрократии, особенно остро ощущали его неестественность.
Кроме того, многие студенты и немалое число профессоров, особенно на факультетах естествознания и технологии, были убеждены, что научный прогресс позволит превратить Россию в высокопроизводительное и богатое общество и оказать эффективную помощь бедным и нуждающимся. В свете этого идеализма запрет правительством студенческих организаций и ограничение интеллектуального поиска представлялись не просто недальновидными, но даже вредными.
Ослабление цензуры было естественным следствием устремлённости к гласности, начатой реформаторами Александра. В конце 50-х годов реформаторы, желая стимулировать общественное обсуждение злободневных для империи вопросов, воздерживались от применения драконовских законов о цензуре, формально остававшихся в силе. Поэтому на практике на протяжении ряда лет газеты и журналы пользовались известной свободой.
Появление в 1865 году новых «временных правил» показалось на этом фоне ужесточением цензуры, хотя эти правила — в сравнении со старыми — значительно ослабили контроль над публикациями. Отменялась предварительная цензура для ежедневных газет, периодических изданий и книг объёмом свыше 160 страниц, а также для академических работ. Однако Главный комитет по цензуре при Министерстве внутренних дел имел право изъять из обращения издание, если в нём усматривалась «опасная ориентация». Также министерство могло предупредить редакцию органа или наложить штраф: три предупреждения вели к приостановке деятельности или закрытию издания. Помимо этого, издатели могли предстать перед судом за такие нарушения, как «оправдание действий, запрещённых законом», «оскорбление официального лица или учреждения», «возбуждение одной части населения против другой» или «постановка под вопрос принципов собственности или семьи».
Несомненно, с точки зрения распространения информации и идей новые правила являлись достижением, однако они создавали ситуацию, которая была более опасна для издателей и редакторов, так как они больше не имели возможности спрятаться за спиной цензора. Смелому редактору с надёжной финансовой поддержкой такое положение предоставляло много возможностей: он мог пойти на риск, щупая зыбкие границы разрешённости, опубликовать сомнительный материал, представляющий большой интерес для публики, и получить неплохую прибыль, пока цензоры не начали реагировать. Сложилась ситуация, когда пресса потенциально могла развиваться весьма успешно, но при этом требовалась либо официальная поддержка, либо финансовые ресурсы, а предпочтительно и то и другое. Например, Михаил Катков, заручившись поддержкой царя, ухитрялся держать на плаву «Московские ведомости» и зарабатывать хорошие деньги даже после трёх предупреждений. Те редакторы, однако, кто располагал ограниченными средствами или не мог похвалиться престижными связями, иногда предпочитали оставаться под предварительной цензурой, чем рисковать, публикуя сомнительные вещи под свою ответственность.