Как всегда, сильнейшую головную боль доставляли университеты и высшие училища. Государство нуждалось в них для подготовки профессиональной и служебной элиты, так как с середины XIX века лишь немногие дворянские семьи давали своим отпрыскам домашнее образование на должном уровне. Но высшее образование прививало дух независимости и критического мышления, который власти находили неприемлемым, а иногда и откровенно опасным. К 1860-м годам по уровню преподавания и исследовательской работы лучшие российские университеты не уступали лучшим университетам мира, а дух свободного поиска стал составной частью нового национального сознания, уступая лишь литературе. Как вспоминал позднее профессор В.В. Морковников:
Когда в 1856 году ограничения Николая I были устранены и интеллектуальная жизнь закипела в преддверии реформ, студенты оказались самой недовольной и громкоголосой прослойкой общества. Они требовали прежде всего права собраний и самоуправляемых ассоциаций, ставящих целью интеллектуальное обогащение, взаимопомощь или проведение свободного времени. Студенты создавали фонды помощи для нуждающихся товарищей и устраивали библиотеки общего пользования, начали протестовать против исключений, арестов и обысков, бойкотировать лекции непопулярных профессоров. Кульминацией стали события в Казанском университете, когда в апреле 1861 года четыреста студентов провели поминальную службу по крестьянам, убитым в селе Бездна. Десять человек были исключены, а выступивший с зажигательной речью профессор Щапов уволен с работы, арестован и сослан.
Правительство издало временную инструкцию, запрещающую студенческие собрания и ставящую все студенческие ассоциации под контроль университетских советов. Студенты ответили массовыми — и кое-где разрушительными — демонстрациями: врывались в лекционные залы и, не получая удовлетворительного ответа на свои требования, ломали мебель. Профессора пытались удержать ситуацию под контролем, не потеряв при этом своих прав на самоуправление.
Университетский Устав 1863 года показал — правительство, несмотря ни на что, всё ещё желало сохранить многие из традиционных свобод высших учебных заведений. В основном они превращались в самоуправляющиеся корпорации. Государство удвоило финансирование и предусмотрело выборность ректоров, деканов и новых профессоров, хотя оставляло за министерством право вето. Каждый факультет сам решал вопросы приёма студентов, поддержания дисциплины, определения учебных программ и планов научных исследований. Право поступать в высшие учебные заведения получили практически все социальные группы, включая выпускников духовных семинарий. По-прежнему не разрешалось принимать женщин и не позволялось образовывать студенческие организации.
В результате этих мер число студентов в университетах резко возросло: 4125 — в 1865 году, 8045 — в 1880 году, 12.804 — в 1885 году, 16.294 — в 1899 году. Социальное происхождение студентов выражалось следующим образом:
| 1880 год, % | 1895 год, % | |
|---|---|---|
| Дворяне и чиновники | 46,6 | 45,5 |
| Духовенство | 24,1 | 5,0 |
| Купечество и почётные горожане | 9.0 | 7,7 |
| Мещане и другие городские жители | 12.0 | 33,2 |
| Крестьяне | 2,9 | 6,8 |
| Иностранцы и другие | 5,4 | 2,0 |
Как видим, в основном в университетах учились сыновья дворян. С успехом поступали в высшие учебные заведения сыновья священников, но так как они числились среди наиболее радикальных активистов, в 1879 году правительство ограничило приём семинаристов. Их места заняли студенты из небогатых городских сословий. В целом, по сравнению с другими европейскими странами, по составу студентов российские университеты выглядели более демократичными, и многие учащиеся едва сводили концы с концами, перебиваясь на крохотную стипендию, дополнительно зарабатывая частными уроками и физическим трудом. В подобных условиях возникали группы взаимопомощи, общие библиотеки и кухни, что развивало в студентах дух коллективизма и уверенность в своих силах, несмотря на официальный запрет студенческих организаций.