Подчёркивание светского величия и достижений не означало, что Пётр не был верующим, но партнёрству светской власти и церкви пришёл конец. Император запретил патриаршество и подчинил церковь себе, создав Священный Синод во главе с назначаемым царём обер-прокурором. Пётр взял на себя даже то достоинство, которое раньше соответствовало только патриарху: после победы под Полтавой его встретили словами, с которыми прежде обращались только к главе церкви: «Благословен да будет Он, кто приходит во имя Господа!»
Согласно концепции Петра, государство стояло выше эгоистичных частных интересов, выше этнических или религиозных различий, даже выше личности самого монарха. Пётр был первым царём России, попытавшимся провести различие между государством и личностью и качествами правителя. Это проявилось, в частности, в новой клятве, которую давали рекруты, вступая в армию: «государю и государству». Сам Пётр не всегда соблюдал отличие, в ещё меньшей степени это делали его подчинённые, но всё же то был первый шаг от вотчинной системы правления к функциональной, или бюрократической, где общественная и частная сферы разъединены друг от друга и каждая ветвь управления исполняет функцию независимо от личных интересов исполнителей. Пётр даже попытался убрать из монархии фактор родства, бросив вызов традиционному порядку наследования и выговорив право правителя самому назначать своего преемника.
Тем же мотивом, установлением принципов функционализма и беспристрастности, было продиктовано и учреждение в 1718 году коллегий вместо существовавших до того приказов. Коллегии являлись, скорее, функциональными органами, чем территориальными: каждая имела собственную область юрисдикции, будь то армия, правосудие или сбор налогов. Более того, возглавляли их не отдельные личности, а административный совет из нескольких человек. Таким образом подчёркивалось, что их власть не может быть использована в личных интересах одного лица или семьи. Как объяснил Пётр I в указе от 19 декабря 1718 года:
Но, конечно, и коллегии способны порождать свои собственные интересы и действовать по принципу, выраженному русской пословицей «Рука руку моет». Защищая групповые интересы, любые коллегиальные органы могут застопорить работу самого прекрасно спроектированного механизма. По этой причине Пётр провёл в жизнь ещё один принцип, согласно которому глаз хозяина должен всё видеть. Если государство — механизм, ему требуется оператор, надзирающий за нормальным функционированием всех частей и устраняющий возникающие неисправности. Поэтому в каждую коллегию царь посадил своего представителя, фискала,
В связи с тем, что Пётр считал бдительность первостепенной обязанностью фискалов, он заранее снимал с них ответственность за возможные ложные обвинения и практиковал награждение фискалов частью изъятой у провинившихся собственности. Этим царь открыл дорогу к культу «бумаготворчества» и порождённым завистью и злобой, зачастую ничем не обоснованным обвинениям, ставшим со временем неотъемлемой частью российской бюрократической жизни.
В проведённых Петром реформах государственного управления появилась роковая двойственность.
С одной стороны, реформы были проникнуты духом уверенности в способности людей достигать благотворных и перспективных перемен посредством рациональной организации. С другой — эту уверенность подтачивало постоянное подозрение, что те же люди, предоставленные самим себе, станут на деле вести себя нерационально и мешать работе самого совершенного механизма своим бездельем, неловкостью, невежеством, эгоизмом или преследованием корыстных клановых или личных интересов. Письма и инструкции Петра пронизаны страстным желанием навязать свою волю всем и на все времена, причём это касалось даже самых мелких дел, словно он смутно сознавал — греховная человеческая натура испортит, сведёт на нет все его превосходно разработанные планы. Император даже запретил плеваться и ругаться в коллегиях и определил наказания для упорствующих в этом нарушителей, угрожая им телесными наказаниями и лишением имущества и звания.