В конце XVIII века официальная политика в области образования преследовала цели, определённые ещё в период правления Екатерины II: для среднего и высшего уровня — подготовка кандидатов к государственной службе, для начального — обучение практическим навыкам и привитие религиозных и моральных принципов, хотя государственная система по-прежнему была отделена от церковной и основным текстом для изучения оставались екатерининские «Обязанности Человека и Гражданина».
Все общественные сословия, кроме крепостных крестьян, имели доступ ко всем уровням образования. Высшее образование строилось по немецкому образцу корпоративной автономии с обеспечением свободы исследования как в обучении, так и преподавании.
Эти принципы примечательны во многих отношениях и показывают, насколько серьёзно Россия пыталась жить по стандартам великой европейской державы: самоуправляющиеся институты и дух свободного интеллектуального мышления оказались трудны для восприятия самодержавием, тогда как широкий доступ к образованию плохо совмещался с иерархически построенным обществом. Но закрытая элитная образовательная система уже была неприемлема для России. Служилая знать требовала постоянного пополнения молодыми людьми, поднявшимися снизу и получившими образование по высшим европейским стандартам. Как отмечал князь Карл Ливен, ректор Дерптского университета:
Несмотря на все трудности, Александр в «Предварительных правилах об общественном образовании» от 24 января 1803 года подтвердил принципы своей бабушки Екатерины II и даже расширил их, объявив о намерении учреждать школы не только на уровне уездов, но и в деревнях. Его планы вполне соответствовали меритократической точке зрения Екатерины: предусматривали связь всех уровней и возможность продвижения по вертикали с тем, чтобы способные дети из низших классов могли подняться до государственной службы. Ставилась цель поощрять в учениках стремление к учёбе с тем, чтобы после окончания школы они продолжали идти дальше к развитию своих лучших качеств.
К существовавшим в начале царствования Александра университетам Москвы, Вильно и Дерпта добавились новые в Санкт-Петербурге, Харькове и Казани. Каждый университет имел самоуправление, хотя и находился под строгим надзором назначенного государством куратора. Ожидалось, что университеты будут помогать в распространении образования, подготовке учителей для школ и составлении учебных планов для учреждений более низшего уровня.
В первые годы новые университеты испытывали большие трудности: не хватало студентов, многие оказались плохо подготовленными, недисциплинированными и не заканчивали курс. Большинство первых профессоров приехали из-за границы и читали лекции на латыни или немецком. В 1814 году князь Кочубей доказывал, что лучше пригласить священников, чем немцев. Между русскими и иностранными преподавателями часто возникали конфликты: первые жаловались, что иностранцы равнодушны к студентам, вторые считали русских грубыми и необучаемыми. Давно утвердившиеся университеты, как Московский или те, которые опирались на поддержку местных властей, смогли преодолеть эти проблемы, но новые оказались крайне уязвимыми для финансового и официального давления. Некоторые подвергались нападкам за насаждение либерализма и атеизма.
К концу правления Александра стало ясно — ни наследие Просвещения, ни пыл «Библейского общества» не способны обеспечить процветание подлинно российских университетов. Его преемник, Николай I, относился к ним с подозрением и проявлял желание полностью подчинить университеты государству. Этому противился министр образования граф Уваров, благодаря стараниям которого был достигнут компромисс, выразившийся в «Университетском Уставе» 1835 года. Документ лишал университеты функции надзора за школами и запрещал внутренние суды, поддерживавшие дисциплину среди студентов. Профессора подлежали назначению министром образования.