В проекте, предложенном императору Сперанским в 1809 году, функции управления делились на три ветви: исполнительную, законодательную и судебную, что соответствовало передовым европейским и американским теориям, но каждую из ветвей возглавлял сам император. Министерства, организованные на функциональной основе, проводили бы исполнительную линию. Задачей Государственного Совета, состоящего из назначенных императором деятелей, явилось бы составление проектов законов и представление их императору. Эту работу дополняла бы Государственная Дума, состоящая из избранных непрямым путём городских и сельских собственников. Не обладая правом законодательной инициативы, Дума имела бы определённые бюджетные полномочия и широкие консультативные функции, включая возможность отсылать на переработку те законопроекты, которые не соответствовали бы основным законам.
Вплоть до 1905 года это — самая масштабная попытка реформировать российскую государственность. При полном осуществлении она могла бы ограничить самодержавную власть не только теоретически, но и на практике обеспечить избранным институтам возможность комментировать, ходатайствовать и протестовать и даже накладывать вето на решения высшей власти. При соответствующем правовом обеспечении — Сперанский работал над кодификацией законов, но не успел довести дело до конца — этого могло бы оказаться достаточно для создания основ гражданского государства.
Однако выполнили всё лишь частично. В соответствии с намерениями Сперанского были учреждены министерства и Государственный Совет. Но органы более низкого уровня так и остались на бумаге, до создания выборных институтов дело так и не дошло. Министерства работали без должной координации. Совет Министров, предусмотренный Сперанским, собирался крайне редко, так как Александр, сохраняя за собой право принятия окончательного решения, предпочитал иметь дело с каждым отдельным министром или перепоручал решение проблем своему фавориту, графу Александру Аракчееву, новгородскому помещику и генералу артиллерии.
Таким образом, до конца XIX века Россия управлялась по «усечённой системе Сперанского». Государственный Совет и министерства действительно внесли дух профессионализма в решение государственных задач, чему помогало дальнейшее распространение высшего образования и сдача экзаменов на занятие высоких должностей, но они также оставались центрами патронажа, где все решали личные склонности министров; ведь не существовало каких-либо общественных институтов, сдержавших бы их произвол. Как и при Петре Великом, контрольно-ревизионные функции осуществляли фискалы или ревизоры, личные агенты царя, направляемые для проверки деятельности того или иного столичного или провинциального ведомства. При отсутствии представительных органов, которые могли бы играть роль противовесов, источниками влияния оставались императорский двор и императорская семья, нередко путавшие функциональное исполнение власти со своими личными и семейными приоритетами.
В 1802 году при создании министерств предполагалось, что каждое будет представлять ежегодный бюджет, но содержание этих смет хранилось в тайне (даже от Сената), и до 1862 года они утверждались лично царём. Естественно, в таких условиях и речи не могло быть о серьёзной официальной проверке расходов. Император по своему желанию мог выделить дополнительные фонды любому министру, особенно своему фавориту, не консультируясь с министром финансов — в этом состояла сама суть самодержавия. Не существовало различия между государственными фондами и личными средствами царя. В 1850 году, когда дефицит составил 33.5 млн. рублей, Николай I скрыл это даже от Государственного Совета, направив туда сфальсифицированные документы, причём фактические расходы военного ведомства были занижены на 38 млн. рублей. Объединённый государственный бюджет появился только в 1862 году, и тогда же Министерство финансов получило полный контроль над всеми расходами. Только тогда, наконец, был положен предел финансовой безответственности двора.