Это вызвало ответную реакцию большевиков, среди которых как на дрожжах стала расти ненависть к церковникам, что зримо проявилось в закрытии сотен храмов и монастырей, реквизиции церковного имущества и массовом убийстве священников. В то же время органы ВЧК стали создавать свою агентурную сеть в среде православного духовенства, а прикрытием для нее стал так называемый «Исполкомдух» — «Исполнительный комитет духовенства на началах коммунистического строя», созданный в августе 1919 г. под руководством некого А.Ф. Филиппова, который до революции ошивался в окружении К.П. Победоносцева и Г.Е. Распутина, а сразу после большевистского переворота установил личные контакты с «денежным мешком» большевиков А.Л. Парвусом (Гельфандом), главой ВЧК Ф.Э. Дзержинским и наркомом просвещения А.В. Луначарским.
Однако ровно через год «Исполкомдух» «самораспустился» и в сентябре 1920 г. в Москве был учрежден «Комитет по делам духовенства всея России», костяк которого составили противники патриарха Тихона и сторонники так называемого «реформационного» течения, одной из целей которого провозглашалось
Борьба большевиков по искоренению религиозного сознания («поповского мракобесия») и репрессии против духовенства, которое все скопом было зачислено в стан агрессивной «контры», продолжилась с новой силой. К 1922 г. на всей территории страны было закрыто более 800 православных монастырей, а в самой Москве — все домовые церкви и часовни, составлявшие четверть всех столичных храмов и соборов. Началось планомерное разрушение самих церковных построек, например, в Москве первым снесли выдающийся памятник церковной архитектуры — часовню Александра Невского на Манежной площади, построенную в 1882―1883 гг. в память воинов, павших в годы последней русско-турецкой войны. Кроме того, кампания по тотальному изъятию всех церковных ценностей, предпринятая в 1922 г., обернулась дальнейшим разгромом культурно-исторического наследия страны, начатого в годы Гражданской войны. Однако сломить пассивное сопротивление Русской православной церкви властям так и не удалось.
Тогда в мае 1922 г. по предложению В.И. Ленина Политбюро ЦК дало прямую директиву Московскому трибуналу немедленно привлечь патриарха Тихона к уголовному суду. Главу РПЦ сразу взяли под арест и намеревались судить по обвинениям в антисоветских преступлениях, однако до суда дело не дошло. И не столько потому, что патриарх покаялся в своих «грехах» перед безбожной властью, а во всех православных церквах была прекращена анафема большевиков и их режима, сколько из-за опасения бурной и крайне негативной реакции за рубежом. Не случайно именно тогда британское правительство Д. Ллойд Джорджа заявило о возможном отзыве своей дипломатической миссии из Москвы, если начнется намеченный на апрель 1923 г. процесс по делу патриарха Тихона.
Лишь только после того, как В.И. Ленин отошел от активной политической работы, специальным постановлением ВЦИК расследование «дела патриарха Тихона» было остановлено. Гонения на РПЦ не прекратились, а сам патриарх умер, находясь под арестом, в апреле 1925 г. После его гибели практически сразу был арестован и местоблюститель патриаршего престола митрополит Петр (П.Ф. Полянский), которого позднее расстреляли в Верхнеуральской тюрьме. Всего же в 1920-х гг. только по приговорам революционных трибуналов и судов было расстреляно более 10 тыс. священнослужителей.