Вместе с тем, в том же 1924 г. под влиянием социал-дарвинистских и антропологических идей новомодной педологии, которую активно поддерживал нарком А.В. Луначарский, был кардинально изменен сам характер школьного обучения. Новые комплексные программы стали строиться на полном отрицании традиционного для отечественной школы предметного принципа изложения учебного материала. Отныне все естественнонаучные предметы — математика, физика, химия, география и биология предлагалось изучать не на традиционных предметных уроках, а по обобщенным темам, типа «Трудовая деятельность людей», «Природа как объект трудовой деятельности людей», «Общество как результат труда людей» и других. Теоретики новой реформы школьного образования (Л.С. Выготский, П.П. Блонский, А.Б. Залкинд, Н.К. Крупская) полагали, что при такой перестройке всей системы обучения будет значительно легче внедрить в сознание учащихся масс марксистскую диалектическую методологию и сконцентрировать внимание детей на реалиях окружающей жизни. Переподготовка старого учительства для такой работы во многом сводилась к убеждению, что ратовать за новую учебную программу означало выступать и «за советскую власть». Одновременно с этим стали активно внедряться деление детей по «генетической предрасположенности», создание целой сети спецшкол для «трудных и необучаемых детей и подростков», разделение учебного процесса и вопросов воспитания, которое было отдано на откуп педологам, диктат педологов над педагогами, исключительный упор на лабораторные методы работы и коллективные формы учебных занятий, при которой учитель играл лишь роль консультанта, и т. д.
В 1927 г. была проведена Всесоюзная конференция педологов, а в начале января 1928 г. состоялся Первый Всесоюзный съезд педологов, в работе которого приняли участие член Политбюро ЦК ВКП(б) Н.И. Бухарин, нарком здравоохранения Н.А. Семашко, нарком просвещения А.В. Луначарский и его первый заместитель Н.К. Крупская. По замыслам его организаторов, этот всесоюзный форум был призван завершить преобразование всей педологии в марксистскую «научную» дисциплину и дать показательный бой всему инакомыслию, объединив разрозненные ряды педологов на единой теоретической платформе. Эту важную роль был призван сыграть и новый ежемесячный журнал «Педология» (1928―1932), редактором которого стал глава Межведомственной плановой педологической комиссии при Наркомпросе РСФСР А.Б. Залкинд. Именно тогда идеологи «педологической науки» стали открыто и даже агрессивно претендовать на монопольную роль единственной «марксистской науки о детях», грубо оттесняя педагогику и активно поглощая психологию, анатомию и возрастную физиологию, которые с их точки зрения были буржуазными лженауками.
Надо четко представлять, что сама педология, в основе которой лежали рекапитулятивная теория американского психолога С. Холла, биогенетический закон немецкого философа Э. Геккеля и печально знаменитая «евгеника» английского психолога и антрополога Ф. Гальтона, по своей сути была расистской дисциплиной, базирующейся на антропометрических измерениях всех «субъектов обучения» и отождествления «биологических законов и явлений социального ряда», о чем, кстати, в своем выступлении на Педологическом съезде говорил и сам Н.И. Бухарин.
Новые программы Наркомата просвещения РСФСР, как и наркоматов всех других союзных республик, носили во многом рекомендательно-обязательный характер, однако многие советские учителя абсолютно справедливо полагали, что они не обеспечивают систематических знаний, и продолжали придерживаться старых методов, приемов и методик обучения. В годы НЭПа в стране насчитывалось около 120 тыс. общеобразовательных школ, где обучалось свыше 11,6 млн учащихся и работали более 550 тыс. учителей, однако только 10% из них имели высшее образование. Все внешкольное образование, в том числе клубная и кружковая работа, которую активно развивали и пропагандировали С.Т. Шацкий и А.С. Макаренко, на протяжении всех 1920-х гг. находилось в ведении Главного политико-просветительского комитета Наркомпроса РСФСР, который все эти годы возглавляла Н.К. Крупская. В городах и крупных селах центрами подобного образования были заводские и фабричные клубы, при которых открывались различные избы-читальни, школы и курсы ликбеза и т. д. Активную просветительскую работу среди масс вели библиотеки, музеи, центры пропаганды новой техники и политехнического обучения, дома и дворцы культуры и т. д. Кроме того, в 1924 г. было создано Всероссийское общество культурной смычки, занимавшееся организацией шефской помощи деревне через сбор денежных средств, книг, направление лекторов и т. д.