Отныне вся учебная программа в вузах стала строиться в соответствии с «Уставом высшей школы», который был утвержден в сентябре 1921 г. специальным постановлением СНК РСФСР, а также целым рядом ведомственных положений и инструкций, в том числе «О научном минимуме» и «О факультетах общественных наук», которые вводили в разряд обязательных научных дисциплин во всех вузах страны «исторический материализм», «историю пролетарской революции», «экономическую политику диктатуры пролетариата» и т. д. А чуть позже, в сентябре 1924 г. эти научные дисциплины были дополнены «историей коммунистической партии» и «основами ленинизма».
В декабре 1922 г. ЦК РКП(б) направил во все партийные организации письмо «О работе в вузах», в котором ставилась первостепенная задача повышения роли коммунистов во всей деятельности высших учебных заведений и «идейного завоевания высшей школы». Для координации работы всех студенческих партийных ячеек были созданы городские союзы коммунистического студенчества, объединенные во Всесоюзный коммунистический студенческий союз, а для подготовки кадров высшей школы, сотрудников партийно-государственного аппарата и общественных организаций были созданы Институт красной профессуры (1921), Коммунистическая академия им. Я.М. Свердлова (1924) и профильные Институты философии, истории, литературы, искусства, советского строительства и права, мирового хозяйства и мировой политики, экономики, естествознания и т. д. В 1925 г. была восстановлена аспирантура, которая стала готовить научных работников и преподавателей высшей школы, а для подготовки кадров хозяйственных руководителей под кураторством ВСНХ СССР была создана Всесоюзная промышленная академия.
Основные трудности советской высшей школы в начале 1920-х гг. были связаны с курсом жесткой экономии и направлением основных материальных и финансовых ресурсов на нужды восстановления народного хозяйства страны, разрушенного в годы Гражданской войны. Поэтому в мае 1923 г. X Всероссийский съезд Советов принял специальное постановление, в соответствии с которым во всех вузах страны вводилась плата за обучение, за исключением студентов-коммунистов и студентов-комсомольцев. А в 1924 г. был серьезно сокращен прием в советские вузы выходцев из всех непролетарских слоев и проведена крупная чистка советского студенчества по классовому принципу, в результате которой около 20 % всех студентов были отчислены из многих университетов и институтов страны.
Тем не менее, к средине 1920-х гг. были достигнуты заметные успехи в сфере высшего и средне-специального образования. На всей территории страны в достаточно сжатые сроки было создано почти 1000 индустриально-технических, педагогических, сельскохозяйственных, медицинских и экономических техникумов, где было подготовлено около 100 тыс. специалистов. Еще большее количество специалистов вышло из стен 148 высших учебных заведений, многие выпускники которых пришли в вузы через знаменитые рабфаки, где в годы НЭПа было подготовлено более 150 тыс. человек.
Особую роль в руководстве всей системой высшего образования играл очень влиятельный заместитель наркома просвещения, главный «партийный» академик М.Н. Покровский,
занимавший в то время все ключевые посты в системе всей «революционной общественной науки» и бывший одновременно главой Коммунистической академии, Института красной профессуры, Общества историков-марксистов, Института истории СССР и Центрального архива СССР, редактором исторических журналов «Красный архив», «Борьба классов» и «Историк-марксист». Именно он, обладая колоссальным властным ресурсом и поддержкой со стороны ряда членов Политбюро, прежде всего, Н.И. Бухарина, Г.Е. Зиновьева и Л.Д. Троцкого, резко противопоставил свою «научную школу» советских историков-марксистов «немарксистскому фронту» историков старой русской школы, видными представителями которой были академики и профессора В.В. Бартольд, С.В. Бахрушин, Ю.В. Готье, В.И. Пичета, Н.П. Лихачев, М.К. Любавский, П.Г. Любомиров, Е.В. Тарле, С.Ф. Платонов и многие другие крупные ученые. В конце концов это противостояние закончилось судебной расправой над выдающимися русскими историками дореволюционной формации по сфабрикованному в октябре 1929 г. «Академическому делу», которых огульно обвинили в создании контрреволюционной организации «Всенародный союз борьбы за возрождение свободной России».