Репрессиям со стороны фашистских захватчиков подверглись в первую очередь славяне, евреи и цыгане, а также все остальные «неполноценные народы». В Белоруссии был уничтожен каждый четвертый житель, а на Украине погиб каждый шестой. На оккупированных территориях создавались лагеря смерти по типу печально знаменитого концлагеря «Куртенгоф» (Саласпилс), где, по общим подсчетам, погибло около 5 млн советских граждан.
Всего же на оккупированной территории было преднамеренно истреблено не менее 7,5 млн мирных советских граждан. Огромный урон людских ресурсов произошел и в результате насильственного угона самой трудоспособной части населения оккупированных территорий на принудительные работы в Германию и другие европейские страны, включенные в состав Третьего рейха. Из общего числа советских граждан, насильственно вывезенных на работы в Германию, — почти 5,3 млн человек, после окончания войны было репатриировано на родину около 2,6 млн человек, не возвратились на родину и стали эмигрантами — чуть более 450 тыс. человек, а остальные 2 млн 170 тыс. человек либо погибли, либо умерли в плену.Опасаясь, что три славянских советских республики будут постоянным источником угрозы для самой Германии, гитлеровское руководство считало крайне опасным предоставить этим территориям какую-либо форму национальной государственности. Планировалось, что ближайшие к Третьему рейху территории будут включены в его состав, в частности, Западная Белоруссия станет составной частью Восточной Пруссии, а Западная Украина войдет в состав особого Польского генерал-губернаторства, а в остальных районах Европейской части СССР будут созданы особые рейхскомиссариаты.
Уже в конце июля 1941 г. по указанию фюрера был создан рейхскомиссариат «Остланд», в состав которого вошли Эстония, Латвия, Литва, Северная Белоруссия и часть Ленинградской и Псковской областей РСФСР. Главой этого рейхскомиссариата был назначен гауляйтер Г. Лозе, резиденцией которого стала Рига. В начале сентября 1941 г. новым распоряжением германского фюрера был создан рейхскомиссариат «Украина», в состав которого были включены Волынь, Галиция, Подолия, Полесье и Крым. Главой этого рейхскомиссариата был назначен гауляйтер Э. Кох, резиденцией которого стал Ровно. По мере продвижения вперед предполагалось также создать рейхскомиссариаты «Кавказ» и «Московия», но, как известно, эти сумасбродные планы гитлеровских захватчиков потерпели полный крах.
Все рейхскомиссариаты делились на генеральные комиссариаты, которые, в свою очередь, делились на областные комиссариаты. Область состояла из нескольких округов, возглавляемых обер-бургомистрами, а округа — из районов во главе с управой. В каждый район входило семь-восемь волостей, которыми руководили волостные старшины — бургомистры, а во всех селах и деревнях немецкими властями назначались старосты из числа местных жителей. Контроль за работой гражданских властей на территории всех рейхскомиссариатов возлагался на Министерство по делам оккупированных восточных областей, которым руководил один из главных идеологов германского нацизма А. Розенберг.
На тех оккупированных территориях, которые входили в состав тыловых районов армейских группировок вермахта, вся власть сосредоточивалась в руках военного командования. Во главе военной администрации стоял генерал-квартирмейстер Главного командования сухопутных войск (ОКВ) генерал артиллерии Э. Вагнер, которому напрямую подчинялись командующие тыловыми районами групп армий. В тыловых районах армий административная власть находилась в руках комендантов тыловых районов, а руководителями первичных органов военной оккупационной администрации являлись полевые коменданты и начальники гарнизонов. Порядок в тыловых районах войск и охрана объектов обеспечивались специальными охранными дивизиями, а также полицией и различными специальными формированиями. На оккупированной территории действовали подразделения гестапо, орпо, СД, СС и других спецслужб германского рейха, в частности, оперативные группы и полицейские формирования, части ваффен-СС и айнзацгруппы (боевые эскадроны смерти), которые были призваны следить за местным населением, бороться с сопротивлением оккупационным властям и проводить показательные карательные акции. Кроме того, в ряде районов оккупационные власти создавали профашистские боевые формирования, союзы и организации из советских военнопленных и местных жителей. Они, конечно, не оказали серьезного влияния на обстановку на фронте, но явились значительной силой в руках вермахта и оккупационных властей в борьбе с активными участниками антифашистского сопротивления.