Одной из главных задач оккупационной администрации был персональный учет всего населения в целях борьбы с диверсантами, партизанами и организации рабочей силы. Все перемещения из городов и населенных пунктов разрешалось только по специальным пропускам, выдаваемых в местных комендатурах, причем, лишь в дневное время. Одновременно вводилась обязательная регистрация местных жителей, которым на определенный срок выдавались удостоверения личности, где, помимо фотографии и сведений о месте и дате рождения, указывались внешние данные его владельца: рост, цвет волос и глаз, особые приметы и т. д.
Кроме того, для устрашения всего населения оккупированных территорий широко применялись массовые казни и уничтожение жителей целых деревень и сел. Символами зверств немецких оккупантов стали белорусская деревня Хатынь, где в марте 1943 г. немецкие и украинские (бандеровские) каратели из 201-го шуцманштаф батальона, сформированного на базе батальонов «Нахтигаль» (Р. Шухевич) и «Роланд» (Е. Побигущий), заживо сожгли всех ее жителей, в том числе грудных и малолетних детей, а также киевский Бабий Яр, в котором было расстреляно свыше 100 тыс. человек. Миллионы мирных граждан вешали, расстреливали, заживо закапывали в землю, бросали в стволы шахт, замуровывали в штреках, душили автомобильными газами, держали в концлагерях и резервациях. Многие люди лишались жизни за простое укрывание и лечение красноармейцев, чтение и распространение советских листовок, сообщений советского радио или просто по подозрению в нелояльности к оккупационным властям. Естественно, все эти зверства нацистов вскоре вызвали мощный народный протест, зримо проявившейся в мощном партизанском движении на всей оккупированной территории, особенно в Белоруссии и на Украине.
Выдающуюся роль в период Великой Отечественной войны сыграло партизанское движение, которое охватило значительную часть оккупированной территории страны, прежде всего, Белоруссию, Украину, Брянскую, Смоленскую, Псковскую, Ленинградскую и другие области РСФСР. Основные задачи партизанского движения впервые были изложены в совместной директиве СНК СССР и ЦК ВКП(б) «Партийным и советским организациям прифронтовых областей» и в постановлении ЦК ВКП(б) «Об организации борьбы в тылу германских войск», которые были приняты вскоре после начала войны — 29 июня и 18 июля 1941 г. В этих директивных документах были сразу сформулированы основные задачи советских и партийных органов в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками на оккупированных территориях: