Что касается причин отставки Н.С. Хрущева, то почти все авторы солидарны в том, что последние два-три года нахождения его у власти, которые ознаменовались крупными провалами во внешней и внутренней политике, и особенно его реформаторский зуд в управленческой сфере, приведший его к непримиримому конфликту со всей партийно-хозяйственной номенклатурой страны, поставили окончательную точку в его многолетней партийно-государственной карьере.
В июне 1963 г. на Пленуме ЦК состоялась очередная рокировка в верхних эшелонах власти, и новыми секретарями ЦК стали Л.И. Брежнев и Н.В. Подгорный, которых сам Н.С. Хрущев считал своими верными сторонниками. Первый из этого тандема сохранил за собой пост номинального главы советского государства, т.е. председателя Президиума Верховного Совета СССР, а второй — был срочно переведен в Москву с поста первого секретаря ЦК Компартии Украины, который занял новый хрущевский выдвиженец П.Е. Шелест. Л.И. Брежнев и Н.В. Подгорный поделили между собой «наследство» Ф.Р. Козлова как второго секретаря ЦК, поскольку они стали фактически руководить работой всего Секретариата ЦК, а в отсутствие Н.С. Хрущева, который практически не бывал в Москве, поочередно руководить и работой Президиума ЦК.
Историки по-разному оценивают этот новый кадровый кульбит Н.С. Хрущева.
Одни (Р. Медведев) полагают, что кадровая рокировка была связана с тяжелой болезнью Ф.Р. Козлова, у которого в конце апреля 1963 г. случился тяжелейший инсульт, и он автоматически выбыл из числа потенциальных преемников Н.С. Хрущева.
Другие авторы (Ю. Аксютин, А. Пыжиков) убеждены в том, что эта «болезнь» Ф.Р. Козлова во многом носила чисто дипломатический характер, и он был устранен от власти самим Н.С. Хрущевым за то, что в феврале ― марте 1963 г. возглавил внутрипартийную фронду его политическому курсу. Однако о какой фронде идет речь, и в чем, собственно, состояло ее противостояние с Н.С. Хрущевым, они так и не пояснили. Что касается фактического разделения функций второго секретаря ЦК между Л.И. Брежневым и Н.В. Подгорным, то, по мнению этих авторов, в данном случае Н.С. Хрущев взял на вооружение хорошо проверенный временем принцип всех авторитарных правителей — «разделяй и властвуй».
Примерно на рубеже 1963—1964 гг. в узком руководстве созрела сама идея смещения Н.С. Хрущева, в которую, вероятнее всего, пока были посвящены только несколько самых влиятельных членов узкого руководства — Л.И. Брежнев, Н.В. Подгорный, Д.С. Полянский, А.Н. Шелепин, Н.Р. Миронов и В.Е. Семичастный. Вхождение двух последних человек в число участников «заговора» имело определяющее значение для его успеха, поскольку:
• Н.Р. Миронов, оставаясь действующим генералом госбезопасности, являлся заведующим Отделом административных органов ЦК и курировал по должности все силовые структуры страны;
• В.Е. Семичастный, являясь ближайшим соратником и личным другом А.Н. Шелепина, унаследовал от него должность председателя КГБ СССР, в состав которого входило знаменитое 9-е Управление, осуществлявшее охрану всех членов Президиума и Секретариата ЦК. Чуть позже согласие на устранение Н.С. Хрущева дал и министр обороны СССР маршал Р.Я. Малиновский, что тоже стало одним из залогов успешной реализации всего замысла «дворцового переворота».
В июле 1964 г. состоялась очередная сессия Верховного Совета СССР, на которой Л.И. Брежнев в связи с острой необходимостью сосредоточиться на работе в Секретариате ЦК был снят с поста главы советского государства, и новым председателем Президиума Верховного Совета СССР был избран А.И. Микоян — один из немногих настоящих сторонников хрущевского курса и старый его приятель.
По информации ряда современных авторов (Р. Пихоя, Ю. Аксютин, А. Пыжиков), сразу после завершения сессии Н.С. Хрущев направил в Президиум ЦК очередную записку «О руководстве сельских хозяйством в связи с переходом на путь интенсификации» с предложением упразднить созданные всего полтора года назад парткомы колхозно-совхозных управлений и заменить их политотделами. Негодованию членов Президиума ЦК против подобной военизации местных партийных организаций не было предела, и их напор оказался настолько мощным, что Н.С. Хрущеву пришлось, несмотря на все свое неудовольствие, отозвать это предложение с рассмотрения высшего партийного ареопага. Было решено перенести рассмотрение этого вопроса на ноябрьский Пленум ЦК, а Д.С. Полянскому и В.И. Полякову подготовить к августу 1964 г. проект совместного постановления ЦК и Совмина СССР по этому вопросу.