Сразу после это Г.А. Явлинский и его непосредственный начальник, еще один «великий реформатор» Е.Г. Ясин обратились к главе Верховного Совета РСФСР Б.Н. Ельцину за соответствующими разъяснениями. В обмен на отказ от раздувания скандала о плагиате они получили предложения войти в состав российского правительства, причем Г.А. Явлинский сразу получил должность вице-премьера и вожделенный портфель председателя Комиссии по экономической реформе, после чего взял к себе А.Ю. Михайлова и М.М. Задорнова как членов комиссии в ранге заместителей министров.
Через десять дней после назначения вице-премьером российского правительства Г.А. Явлинский обратился к М.С. Горбачеву и предложил на основе «Программы 500 дней» разработать общесоюзную программу перехода к рынку. Сразу после этого М.С. Горбачев встретился с Б.Н. Ельциным, и они приняли решение создать совместную Государственную комиссию по экономической реформе. В тот же день президент СССР позвонил члену Президентского совета академику С.С. Шаталину и сказал ему:
Личное обращение М.С. Горбачева к известному советскому экономисту академику С.С. Шаталину было совсем не случайным, поскольку по признанию самого генсека,
Это единоличное решение генсека стало абсолютно неожиданным, а главное, малоприятным сюрпризом для всех руководителей союзного правительства, в том числе Н.И. Рыжкова и Л.И. Абалкина, которые узнали о нем только тогда, когда им прислали уже одобренное соглашение о совместной разработке экономической реформы командами союзного и российского президентов. В начале августа 1990 г. М.С. Горбачев подписал распоряжение «О подготовке концепции союзной программы перехода на рыночную экономику как основы Союзного договора», на основании которого была создана рабочая группа. В состав этой «чертовой дюжины» вошли Л.И. Абалкин, С.С. Шаталин, Г.А. Явлинский, Е.Г. Ясин, Н.Я. Петраков, В.А. Мартынов, Н.П. Шмелев, А.П. Вавилов, Л.М. Григорьев, М.М. Задорнов, B. М. Машиц, А.Ю. Михайлов и Б.Г. Федоров.
Концепцию новой программы экономической реформы рабочая группа должна была представить не позднее сентября 1990 г., поэтому сразу после ее создания она в полном составе срочно выехала в подмосковное Архангельское. Здесь между членами рабочей группы, прежде всего, Г.А. Явлинским и Л.И. Абалкиным, начались серьезные трения, которые активно провоцировал ученик, а не его учитель. В течение первой недели команда Г.А. Явлинского представила на рассмотрение остальных членов комиссии свой «план-проект» экономической реформы, и в середине августа 1990 г. состоялась встреча рабочей группы C. С. Шаталина — Г.А. Явлинского с Н.И. Рыжковым и Л.И. Абалкиным, во время которой обнаружилось категорическое неприятие союзным правительством всех представленных ими материалов.
По свидетельству самого М.С. Горбачева,