Главная задача третьего этапа (250―400 дни) заключалась в том, чтобы «добиться, в основном, стабилизации рынка, как потребительских товаров, так и средств производства». На этом этапе планировалось: а) довести долю акционированных или сданных в аренду предприятий до 30—40% в промышленности, до 50% в строительстве и автомобильном транспорте, и не менее 60% в торговле, общественном питании и бытовом обслуживании; б) снять «государственный контроль над ценами примерно по 70—80% продукции и услуг», сохранив его лишь «на основные первичные ресурсы», в частности, нефть, нефтепродукты и газ, а также «ограниченный перечень потребительских товаров первой необходимости», в частности, хлеб, мясо, молоко и сахар, транспортные тарифы и тарифы на коммунальные услуги; в) добиться окончательного решения «ключевой проблемы перехода к рыночной экономике — проблемы внутренней конвертируемости рубля».
На заключительном этапе реформы (последние 100 дней) планировалось перенести центр тяжести работы на дальнейшее «продвижение в разгосударствлении, приватизации и демонополизации экономики, на активизацию структурно-инвестиционной политики». К концу этого этапа реформ доля приватизированной или же сданной в аренду собственности должна была достигнуть не менее 70% в промышленности, 80—90% в строительстве, автомобильном транспорте, оптовой и розничной торговле, общественном питании и бытовом обслуживания. К реализации программы предполагалось приступить с октября 1990 г.
По свидетельству ряда участников рабочей группы (Б.Г. Федоров), на последнем этапе ее работы возник вопрос о том, что будет какое-то секретное приложение к программе. По согласованию с Г.А. Явлинским над ним усердно корпел Е.Г. Ясин, и этим «секретным оружием» реформаторов была тривиальная конфискационная денежная реформа.
В конце августа М.С. Горбачев вернулся в Москву, и в тот же день состоялась третья встреча рабочей группы, занимавшейся составлением сводной программы экономической реформы. По авторитетному свидетельству участника это встречи академика Л.И. Абалкина,
Тогда же к новой встрече М.С. Горбачева и Б.Н. Ельцина была составлена записка, которая обосновывала необходимость взять за основу «Программу 500 дней» и рассматривала два варианта последующих действий:
а) представление ее Верховному Совету СССР с предложением о формировании нового правительства, или
б) заключение нового Союзного договора и тоже создание нового правительства. Для окончательного решения данного вопроса предлагалось созвать совместное заседание Президентского совета и Совета Федерации СССР.
В самом конце августа 1990 г. состоялось совместное заседание Президентского совета и Совета Федерации, в котором приняли участие руководители всех экономических ведомств, народные депутаты двух парламентов и ученые-экономисты, всего порядка 200 человек. Особо примечательно, что собравшимся вместо единой программы экономических реформ были предложены две программы перехода к рынку: программа Совета Министров СССР, разработанная под руководством Н.И. Рыжкова — Л.И. Абалкина, и программа С.С. Шаталина — Г.А. Явлинского, получившая известность как «Программа 500 дней».