Следом за отступавшими в марте 1918 года войсками Колесова в Ташкент и Самарканд ушли 150–200 человек, составлявшие ядро движения младобухарцев, включая их лидеров. Поначалу в изгнании у движения не было никакой организации. В течение шести месяцев всю энергию группы поглощали старания не избежать голода и бесконечные взаимные обвинения и споры по поводу мартовского фиаско. Некоторые из членов стали политически неактивны, другие покинули движение, присоединившись к русским политическим партиям в Туркестане – к левым эсерам или коммунистам. Бывшие лидеры, которых многие обвиняли в неудачах движения в ханстве, на время удалились со сцены. Файзулла Ходжаев уехал в Москву. Во время Гражданской войны в Центральной Азии надежды и перспективы младобухарцев оставались туманными, оживившись только в конце 1919 года, когда Москва начала активно готовить интервенцию в Бухару.
После массового исхода младобухарцев единственной организованной политической партией в ханстве были коммунисты, имевшие в четырех поселениях ячейки, членами которых являлись русские, как гражданские, так и военные. Центрами коммунистической активности были Чарджоу и Новая Бухара, где партийные организации возникли в конце 1917 года. Партийная организация Чарджоу стала одной из 12 парторганизаций, представленных на I съезде Коммунистической партии Туркестана (КПТ), состоявшемся в июне 1918 года, а совместно с парторганизациями Самаркандской области коммунисты Чарджоу и Новой Бухары участвовали в VIII съезде Российской Коммунистической партии (РКП), проходившем в марте 1919 года. К осени 1919 года общая численность парторганизаций четырех поселений составляла почти 900 человек.
Как чисто русская партия, ограниченная русскими анклавами, коммунисты не пользовались существенным влиянием среди местного населения. Чтобы исправить ситуацию, комиссар по труду и председатель Экономического совета Туркестанской республики П.Г. Полторацкий в апреле 1918 года убедил некоторых из младобухарцев, уехавших в Ташкент, порвать со своей прежней партией и сформировать Бухарскую коммунистическую партию (БКП). Организационную работу явно тормозило настроение уныния, царившее среди бухарских изгнанников. Свой I съезд партия провела в конце ноября в столице Советского Туркестана и после него присоединилась к Коминтерну. В декабре БКП приняла программу, призывавшую к свержению эмира и созданию Бухарской народной советской республики. В течение нескольких месяцев у партии появились официальные отделения в Самарканде, Каттакургане и Мерве, а нелегальные ячейки возникли в русских поселениях и других местах, включая столицу.
Скоропалительный и поверхностный переход к коммунизму большинства членов партии, включая лидеров, отразился на ее целях и методах. Программа партии включала уважительные ссылки на шариат; ее члены ставили своей целью скорее достижение равенства между всеми классами общества, чем диктатуру пролетариата; они склонялись к практике терроризма, включая политические убийства и нападения на бухарские почтовые отделения. С подачи КПТ на II съезде бухарской партии, проходившем 26–27 июня 1919 года в Ташкенте, эти доктринальные и тактические ошибки были устранены вместе с положением о медленном прогрессе в развитии масс. Съезд утвердил решение Центрального комитета о чистке партии от реформистов и буржуазных элементов и получил от КПТ 200 000 рублей на партийную работу и поддержание слабеющего духа БКП. Несмотря на старания коммунистов Туркестана, к осени 1919 года бухарские изгнанники так и не смогли стать политической силой, пользующейся хоть какой-то поддержкой среди бухарского населения. Опыт 1917 года и весны 1918-го был слишком печальным, судьба революции в Туркестане – слишком ненадежной, а репрессивная политика правительства эмира – слишком эффективной для маленькой группы политически сознательных бухарцев, чтобы они могли добиться успеха.
После неудачной кампании Колесова отношение эмира Алима к оппозиции стало еще более враждебным. Не только те, кто симпатизировал младобухарцам, но и все бухарцы, получившие западное образование или читавшие газеты, стали объектом преследований и наказаний. Волна ксенофобии захлестнула страну и ее правительство во главе с бывшим кушбеги Низам ад-Дином, по-прежнему имевшим в ханстве большую власть, и кази-каланом Бурхан ад-Дином. Специальный трибунал осудил и приговорил к смерти от 15 до 20 видных сторонников реформ, включая семерых духовных лиц, принадлежавших к старому поколению джадидов. Еще больше людей были казнены без суда, как, например, 70 человек, повешенных в бекстве Керки после заключения договора в Кизыл-Тепе. Другие, как, например, русские, оставшиеся в Старой Бухаре после ухода Колесова, были убиты разъяренной толпой.