Прямой и честный характер Смушкевича не позволял ему поддерживать «нужные» отношения с высоким начальством. В июле 1940 г. он был назначен генерал-инспектором ВВС, в декабре того же года получил должность помощника начальника Генштаба по авиации, но это длилось недолго. 8 июня 1941 г. Смушкевича, который находился на лечении в госпитале в связи с очередным обострением старых ран, арестовывают сотрудники НКВД и на носилках перемещают в тюрьму. Его обвиняют в связях с «врагом народа» Уборевичем и участии в антисоветском заговоре. На тех же носилках 28 октября 1941 г. Якова Владимировича вынесли из «воронка» в районе поселка Барбыш в районе Куйбышева, застрелили лежащего и свалили в яму. Там уже лежали тела многих видных военачальников РККА, расстрелянных в этот день по приказу наркома НКВД Берии. Жену и дочь Смушкевича также арестовали и сослали в Сибирь. Оттуда их вызволил в 1954 г. маршал Жуков. За четыре предшествующих войне года в ВВС сменилось 4 командующих. Все четверо – Я. И. Алкснис, А. Д. Локтионов, Я. В. Смушкевич и П. В. Рычагов – были уничтожены НКВД.
Всю первую половину 1941 г. немецкие самолеты спокойно летали в советском воздушном пространстве. Всего зафиксировано более 500 таких случаев, при этом их самолёты даже садились на советские аэродромы. Сбивать их запрещалось категорически, под страхом немедленного ареста и предания суду. Командующего ВВС Киевского округа Героя Советского Союза Е. С. Птухина, который предлагал сбивать немецкие самолеты, расстреляли вместе с другой большой группой советских генералов 23 февраля 1942 г. Его жену арестовали вместе с двухмесячным ребенком и год продержали в тюрьме, а потом отправили в ссылку в Казахстан. В группу генералов, расстрелянную в феврале 1942 г., входили, в частности: арестованный 30 мая 1941 г. на должности заместителя командующего ВВС Орловского военного округа Герой Советского Союза Эрнст Шахт (его жена также была расстреляна); начальник НИИ ВВС РККА А. И. Филин, который перед войной требовал принятия на вооружение только полностью доведенных конструкторами боевые самолеты.
Отсутствие надлежащей подготовки летчиков, массовое поступление в войска «сырых» самолетов, имеющих серьезные технические недостатки, и ряд других причин привели к небывало высокому уровню аварийности в ВВС. Каждый предвоенный год в авариях и катастрофах терялись несколько сотен самолетов. После очередного ЧП в апреле 1941 г., когда разбилось сразу несколько бомбардировщиков в районе Донбасса, зам. начальника ВВС И. И. Проскуров написал письмо Сталину:
«…Авиация является самым запущенным родом войск в нашей армии, и могу смело утверждать, что и теперь в своей подготовке наша авиация не отвечает требованиям борьбы с сильным противником. Главным недостатком в подготовке авиации считаю неумение в массе своей… надежно действовать в сложных метеоусловиях и ночью, низкий уровень огневой и разведывательной подготовки. Большинство экипажей не умеет отыскивать цели даже в крупных населенных пунктах… У нас еще не было случая, чтобы судили командира за плохую подготовку подчиненной ему части. Поэтому люди рассуждают так: «За недоработки в боевой подготовке меня поругают, ну в худшем случае снизят в должности, а за аварии и катастрофы я пойду под суд…»».
И. Проскуров просил в своем письме Сталина повлиять на сложившуюся драматическую ситуацию. Ответ последовал незамедлительно: 27 июня 1941 г. генерал-лейтенант герой Советского Союза И. И. Проскуров был арестован. Причиной быстрой опалы И. Проскурова явилось не только последнее письмо, но и его упорство в напоминаниях Сталину о подготовке в Германии плана «Барбаросса» о нападени на Советский Союз. Это было в период с апреля 1939 по июнь 1940 г., когда он являлся заместителем наркома обороны и начальником Разведывательного управления РККА.
Обвинительное заключение гласило: «…Проскуров обвиняется в том, что являлся участником военной заговорщической организации, по заданиям которой он проводил работу, направленную на поражение Республиканской Испании, снижение боевой подготовки ВВС РККА и увеличение аварийности в Военно-воздушных силах…». Входе пыточного следствия Проскуров виновным себя не признал, но в октябре этого же года был расстрелян. Его жену арестовали, а затем вместе с дочерьми отправили в ссылку. На все запросы о судьбе мужа жена Проскурова получала стандартную лживую отписку тех времен: «Осужден на 10 лет без права переписки». Реабилитирован в 1956 г.
Невероятные репрессии среди авиаторов негативно сказались на потерях в Военно-Воздушных Силах, прежде всего в летном составе. В течение 1941 г. погибло 4478 летчиков, а потери летного состава в 1942 г. почти достигли 6200, что составляло около 24 % общего числа боевых экипажей действующей армии9. Итоги большой работы, проведенной чекистами за неполных два месяца перед войной, поражают воображение. За это время был уничтожена элита
9 Белые пятна истории: военная авиация в цифрах, beloepyatno.
blogspot.ru>2013/02/blog-post 9.html