С.О. Макаров застал в Порт-Артуре крайне сложную обстановку и был вынужден расплачиваться за чужие просчёты. Против двадцати броненосцев и крейсеров X. Того в Жёлтом море он имел всего девять. «Цесаревич» и «Ретвизан», снятый с мели 24 февраля, исправлялись с помощью деревянных кессонов, подведенных под пробоины. Они могли вступить в строй не ранее, чем через три месяца и то благодаря приезду в Порт-Артур 189 мастеровых Балтийского завода во главе с талантливым корабельным инженером Н.Н. Кутейниковым. Несколько быстрее продвигался ремонт стоявшей в доке «Пал-лады». Состояние эскадренных миноносцев оставляло желать много лучшего. В марте 1904 г. в строй вступили «Страшный» и «Стройный», из 23 единиц в готовности к выходу в море находились не более трети. Организационные и технические мероприятия, проведённые по распоряжению командующего флотом, имели некоторый успех: в конце марта с эскадрой выходили 13 эскадренных миноносцев.
С.О. Макаров занялся также обороной рейда, для защиты входа в гавань были затоплены пароходы и установлены боны. Активную силу обороны составили дежурный крейсер, канонерские лодки, миноносцы и паровые катера с больших кораблей. На береговые батареи для организации связи с кораблями флот выделил подготовленных матросов.
Более серьёзной оказалась проблема командиров, многие из которых «добросовестно отбывали ценз», но, по мнению С.О. Макарова, совершенно не годились для командования кораблями в военное время. Не встретив взаимопонимания в вопросах решения боевых задач, командующий флотом заменил около половины командиров эскадренных миноносцев и нескольких командиров крупных кораблей, не считаясь с их старшинством. Отличившегося на «Новике» капитана 2-го ранга Н.О. Эссена Макаров назначил командиром броненосца «Севастополь», а на его место поставил капитана 2-го ранга М.Ф. Шульца, старшего брата флагманского минёра. Командующим отрядом крейсеров стал прибывший из Владивостока капитан 1-го ранга Н.К. Рейценштейн, а заведующим 2-м отрядом миноносцев — капитан 2-го ранга М.В. Бубнов. На «Цесаревич» предполагалось назначить капитана 2-го ранга М.П. Васильева, а на «Пересвет» — специально вызванного из Шанхая капитана 2-го ранга Н. А. Кроуна.
Командование кораблем 1 ранга открывало путь в адмиралы, и Е.И. Алексеев, имевший своих «очередных» кандидатов, опротестовал новые назначения. Как и в случае с отказом ГМШ напечатать его «Рассуждения по вопросам морской тактики», С.О. Макаров был вынужден пойти на конфликт, доложив Петербург, что в случае отмены его решений он откажется от командования. В результате «Рассуждения» начали печатать, а большинство его назначений были утверждены, включая замену командира Порт-Артура контр-адмирала Н.Г. Греве командиром «Цесаревича» И.К. Григоровичем, вскоре произведённым в контр-адмиралы. Правда, Е.И. Алексееву позднее удалось добиться изменения статей Морского устава, где назначение командиров больших кораблей стало прерогативой главнокомандующего.
В остальном наместник поддерживал С.О. Макарова, ограничиваясь общими директивами о сбережении сил до исправления повреждённых броненосцев или до усиления флота балтийским подкреплением. Макаров и сам хорошо понимал, что рисковать судьбой генерального сражения можно только при благоприятном соотношении сил: «….благоразумие подсказывает, — писал он Е.И. Алексееву 27 февраля, — что теперь ещё рано ставить всё на карту…».
9Сознавая опасность дальней разведки немногочисленными крейсерами, командующий флотом возлагал определённые надежды на ближнюю ночную разведку эскадренными миноносцами, которые могли внезапно атаковать противника.Вечером 25 февраля С.О. Макаров послал в разведку к островам Эллиот (80 миль от Порт-Артура) эскадренные миноносцы «Решительный» и «Стерегущий». Случилось так, что адмирал X. Того назначил на следующий день бомбардировку Порт-Артура, которую также хотел предварить ночной разведкой двух отрядов истребителей. Вскоре после полуночи 1-й японский отряд подошёл к крепости и был замечен наблюдательными постами. Для атаки противника в море вышли 4 эскадренных миноносца 1 — го отряда под командованием капитана 1-го ранга Н.А. Матусевича.
В полуторачасовом бою у Ляотешана соотношение сил было примерно равным: противники имели по 24 орудия калибром от 47 до 76 мм, но русским первым удалось атаковать японцев. Флагманский миноносец «Выносливый» (лейтенант П.А. Рихтер) и «Властный» (лейтенант В. А. Карцев) сближались с концевыми истребителями М. Асайя на дистанции менее 50 м, а «Властный» даже пытался таранить «Акацуки» и выпустил в него мину Уайтхеда. Японские истребители «Касуми», «Асасио» и «Акацуки» получили до 20 попаданий и потеряли 14 человек экипажа. Однако ранение Н.А. Матусевича и повреждение машины «Выносливого» (8 попаданий) помешали развитию успеха. Командиры «Внимательного» и «Бесстрашного» не проявили настойчивости в поиске и преследовании отступавшего отряда М. Асайя, позволив японцам увести потерявший ход «Акацуки».