Возможность профессионально реализоваться и «помогать русской молодежи» Кизеветтер получил в Праге, куда приехал 1 января 1923 года. Прага в 1920-е – первой половине 1930-х годов была признанным академическим центром русского зарубежья. В 1922 году президент Чехословакии Томаш Масарик и чешское правительство предприняли так называемую Русскую акцию. Суть ее заключалась, во-первых, в том, чтобы помочь ученым-беженцам, во-вторых, обеспечить подготовку специалистов для будущей, очищенной от большевизма, России. В рамках «Русской акции» был создан Русский университет с двумя факультетами – юридическим и гуманитарным; существовал также Народный университет для тех, кто не мог посещать лекции в дневное время; Русский научный институт в Праге фактически выполнял функции Академии наук русского зарубежья; действовал также ряд других научных учреждений – Экономический кабинет, Семинар византиниста Н.П. Кондакова и др. При чехословацком Министерстве иностранных дел был создан Русский заграничный исторический архив.
А.А. Кизеветтер преподавал практически во всех русских учебных заведениях в Праге, читал также курс истории на философском факультете чешского Карлова университета; выезжал с лекционными турне в Берлин, Белград, в Прибалтику. Он стал одним из основателей в 1925 году Русского исторического общества в Праге; был товарищем (заместителем) его председателя, затем председателем. Кизеветтер возглавил Совет и учено-административную комиссию Русского заграничного исторического архива.
В этой своей многообразной деятельности Кизеветтер видел не только источник добывания средств к существованию (тяжело болели жена и падчерица, да и сам Кизеветтер страдал от диабета), но и некую миссию. Он не верил в скорый крах большевизма, так же как и в способность эмиграции реально повлиять на процессы, происходящие в СССР. Что же делать «русским зарубежникам»? На этот вопрос, едва ли не главный для эмигрантов, Кизеветтер попытался ответить в очередном письме к В.А. Маклакову: «Сейчас картина получается такая: в политическом отношении мы, русские, шлепнулись как нельзя хуже. А к русской культуре всюду в Европе обнаруживается большой интерес. Этой культурой заинтригованы, ее ценят, в ее будущности не сомневаются, никто не допускает мысли о том, что большевистское измывательство над этой культурой окончательно ее погубит… Вот мне и думается, что эмиграция со своей стороны должна была бы сделать все возможное, чтобы своею деятельностью закрепить в европейском обществе это признание силы и ценности русского человека как культурного деятеля. Согласитесь, что это было бы дело в высшей степени важное с точки зрения интересов именно грядущей России» (i декабря 1923 года).
В эмиграции Кизеветтер опубликовал книгу, которой еще будут посвящены специальные исследования, – воспоминания «На рубеже двух столетий». Маклаков, заметно расходившийся с Кизеветтером в оценке недавнего прошлого, писал ему вскоре после выхода книги: «Не собираюсь Вам писать ни комплиментов, ни критики. Прочел ее с громадным интересом и думаю, что подобные книги самое полезное дело, которое мы можем пока делать… Люди, которые вспоминают прошлое, как Вы, без предвзятости, хотя бы им, как и всем нам, и было далеко до объективной правды, все-таки дают… материал, без которого этой правды узнать будет нельзя» (13 сентября 1929 года).
Кизеветтер был постоянным сотрудником лучшего журнала русского зарубежья – парижских «Современных записок», а также исторического журнала, издававшегося С.П. Мельгуновым сначала под названием «На чужой стороне», а затем «Голос минувшего на чужой стороне». Он печатался в других эмигрантских журналах, исторических сборниках, много публиковался в газетах – особенно часто в рижской «Сегодня» и берлинском «Руле». Среди его публикаций – статьи, рецензии, историографические обзоры. Как всегда, много «исторических портретов» (среди них – Екатерина II, граф Д.А. Толстой, И.Д. Делянов, А.С. Суворин, Г.А. Гапон, Франтишек Палацкий и др.). Значительная, пожалуй, большая часть публикаций была рассчитана на массового читателя и носила популярный характер.
Так называемый массовый читатель был надолго разлучен с творчеством Кизеветтера; а ведь большая часть созданных им текстов предназначалась именно для него. Лучшие статьи Кизеветтера писались зачастую не для профессионалов, а для обычных интеллигентных людей, для которых «толстый» журнал – традиционный предмет домашнего обихода. Почти все эти тексты были первоначально опубликованы в «Русской мысли», которая была для интеллигентов начала века приблизительно тем же, чем «Новый мир» для «шестидесятников».