Но одновременно с подбором сотрудников Замятнин «расчищал поле» для будущей реформы: он упростил делопроизводство и повысил эффективность работы аппарата министерства, благодаря чему резко сократилось количество нерешенных дел, ведомственный механизм стал работать без резких перегрузок и сбоев. При Замятнине произошло важное событие, выходящее по своему значению далеко за рамки министерской «новации»: Указом 17 апреля 1863 года в России отменялись жестокие телесные наказания – плети, шпицрутены, наложение клейм и штемпелей.
Подготовка судебной реформы продвигалась с необычайной быстротой. В октябре 1861 года Александр II повелел предварительно выработать «Основные положения» судебной реформы. Менее чем через год Государственный совет уже рассмотрел «Основные преобразования судебной части в России», утвержденные царем 29 сентября и ставшие фундаментом будущего судебного законодательства. Тогда же была образована при Государственной канцелярии под председательством В. П. Буткова комиссия для составления проектов судоустройства и судопроизводства согласно «Основным положениям». Следует подчеркнуть, что эти положения были опубликованы для всеобщего сведения: комиссия Буткова специально обратилась к судебным и административным деятелям и профессорам, а через периодические издания и ко всему обществу с просьбой оказать содействие своими замечаниями. На приглашение комиссии откликнулось 448 лиц, замечания которых составили шесть томов. Это был первый опыт обращения к общественности за содействием. Замечания вместе с иностранными законодательствами и теоретическими исследованиями послужили материалом, над которым работала комиссия. Через год с небольшим ее проекты были внесены в Государственный совет.
Замятнин образовал под своим председательством особые совещательные органы для обсуждения внесенных в Государственный совет проектов. Это была поистине «могучая кучка» способных и преданных реформам людей, воодушевленных высотою предстоящей работы и искренним желанием поработать на пользу России. Ему пеняли на то, что он дает себя «начинять департаментским либерализмом», но министр неуклонно вел свою реформаторскую линию. Заседания продолжались в течение четырех месяцев по три раза в неделю по вечерам. Каждое длилось по пять и более часов. Замятнин поражал всех на этих заседаниях своим терпением и неутомимостью. Даже когда уставали молодые люди, он, несмотря на свой возраст, засиживался до двух часов ночи, внимательно выслушивая всякое замечание, давая каждому высказаться, поощряя словом и личным примером.
В ходе этих плодотворных обсуждений были внесены замечания по 1100 статьям Уставов, в том числе по 600 статьям Устава гражданского судопроизводства, по 300 статьям уголовного судопроизводства, по 800 статьям Устава по нарушениям закона, подведомственным мировым судьям, и по 120 статьям проекта учреждения судебных мест. В целом «Замечания министра юстиции» составляли целый фолиант, превышающий 500 страниц.
Неоценимая заслуга Замятнина, по оценке его современников, «заключалась в кропотливой, в высшей степени добросовестной работе, с которой тонкому юридическому анализу была подвергнута каждая статья уставов». Подавляющее большинство замечаний было принято Государственным советом. Замятнин расширил юрисдикцию мирового суда, предоставил каждому подсудимому право просить о назначении ему защитника, высказался за право председателя и членов суда задавать подсудимому вопросы, внес важные коррективы в порядок составления присутствия присяжных заседателей и правила их отвода и прочее.
Но утверждение уже выработанных Уставов едва не было остановлено запиской, поданной царю в октябре 1864 года председателем Государственного совета князем П. П. Гагариным, который предлагал ввести повсеместно в действие положение о мировых судьях «с соединением этой должности с существующей тогда должностью мировых посредников по освобождению крестьян». Князь высказался за подчинение будущих мировых судей одновременно Министерству юстиции (по делам судебным) и Министерству внутренних дел (по делам о заведовании крестьянским управлением). Д. Н. Замятнин воспротивился самым решительным образом. В своем докладе Совету министров 5 ноября 1864 года он доказывал, что характер деятельности мировых судей и мировых посредников различный. Мировой судья отвечает за свои действия только перед судом, а мировой посредник – перед административной властью, и, таким образом, «пришлось бы нарушить первую статью основных положений реформы, в силу коей власть судебная отделяется от исполнительной и административной». Замятнин предупреждал, что предложение Гагарина в конце концов может привести к тому, что «придется задержать введение всей судебной реформы». Гагаринская трактовка роли мировых судей «не прошла».