Уже во всеподданнейшем отчете за 1866 год сам Замятнин высоко отозвался о начавшейся судебной реформе: «Деятельность общих судебных установлений оказалась столь же благотворною, как и мировых учреждений». Даже консервативный по своим убеждениям князь В. П. Мещерский писал тогда о новом суде: «Первые годы введения и действия новых судебных учреждений были блестящими страницами честных нравов во всей области русской Фемиды: это был какой-то весенний воздух, где ободряюще веяли ароматы честности и где каждый из нас в то время чувствовал, что этот новый слуга юстиции исполнял задачу честности, на себя принятую, собственным вдохновением. Это был какой-то праздник честности».
Действительно, это был «медовый месяц» судебной реформы. Но он был недолог. «Некоторые слои общества, – как писал зять Замятнина, один из деятельных участников судебных преобразований, А. Н. Куломзин, – коих заветное мечтание заключалось в восстановлении патримониальной юрисдикции, не могли примириться с независимостью суда. С провозглашением действительным равенства… в особенности ненавистен был этим лицам институт присяжных заседателей». Разбор постоянных, хотя и мелочных, наветов на Замятнина, как отмечает тот же Куломзин, «утомлял государя», вследствие чего последовало назначение «для рассмотрения важнейших вопросов по судебному преобразованию Особого совещания под председательством великого князя Константина Николаевича». Это был тревожный звонок. 1 января 1867 года у Замятнина отняли его «правую руку» – товарища министра Н. И. Стояновского, горячего приверженца реформы. Его назначили в Сенат, а товарищем министра юстиции царь назначил псковского губернатора графа К. И. Палена, откровенно сказав при этом Замятнину, чтобы тот готовил графа в министры.
Масла в огонь подлило и некое происшествие в начале 1867 года, которое, кстати, весьма ярко характеризует Дмитрия Николаевича Замятнина как гражданина. Императору доложили об участии кассационного сенатора М. Н. Любощинского в заседании петербургского земства. На нем «под предлогом вопроса о жалобе Сенату на министра внутренних дел по поводу оставления им без последствий двенадцати из двадцати шести ходатайств земств, собственно, обсуждалось оставление без последствий ходатайства земства, постановленного в предшествовавшую сессию, о созыве центрального земского собрания». Император гневно потребовал у Замятнина увольнения Любощинского. Замятнин не послушался. Он заявил, что по новым судебным учреждениям члены судов пользуются правом несменяемости. «Но не для меня», – сорвался на крик Александр II. Вскоре был подготовлен указ об увольнении сенатора, но царь одумался, и бумага осталась неподписанной.
В марте 1867 года Д. Н. Замятнин подал свой первый и последний всеподданнейший годовой отчет о введении судебной реформы, а затем доложил монарху о том, что граф Пален готов занять пост министра юстиции. Последний циркуляр, изданный министром Замятниным, рекомендовал прокурорам вставать перед судом.
Однако, сняв Замятнина с должности, с назначением К. И. Палена решили повременить, и министром на полгода стал С. Н. Урусов. 16 апреля 1867 года император «отменно милостиво отпустил» Дмитрия Николаевича, оставив его членом Государственного совета и пожаловав орден Святого Александра Невского с алмазами.
В истории российской юстиции с именем Замятнина связано введение новых судов. И оставшись в Государственном совете, бывший министр непоколебимо стоял за реформу. Он ушел с министерского поста с горечью, но без колебаний и остался верен делу, которому служил.
Всю свою жизнь Замятнин живо интересовался развитием нового суда и радовался успехам лучших судебных деятелей. Все, кто его знал, платили ему тем же. Когда отмечалось пятидесятилетие его службы, Д. Н. Замятнин «как знаменосец судебной реформы» имел великое утешение видеть преданность ему всех судебных деятелей. Отовсюду шли поздравительные телеграммы и адреса. Судебные деятели понимали, что во многом именно ему они обязаны тем, что новые судебные учреждения с самого начала пустили прочные корни. 1 января 1877 года Замятнину был пожалован орден Владимира 1-й степени. В 1881 году он получил председательствование в Департаменте гражданских и духовных дел.
В частной жизни Дмитрий Николаевич был отличный семьянин, большой хлебосол и приятный собеседник. «Высокий, прямой, с красивой седою головою, гордою походкой и ясною речью, он до конца сохранял свежесть духа и бодрость тела». Был большим любителем ходить пешком и, несмотря на свои семьдесят четыре года, делал ежедневно по три–пять верст. И при этом вел предельно скромную жизнь.