Сам Некрасов прилагал максимум усилий на своем министерском посту, чтобы стабилизировать политическую обстановку, установить и расширить контакты с представителями демократических организаций. Во время апрельского правительственного кризиса он заявил о себе как о стороннике межпартийной правительственной коалиции, против чего выступал Милюков. На VIII съезде кадетской партии (май 1917 года), выступая с резкой критикой Милюкова и Гучкова, покинувших министерские посты, он назвал это «ударом в спину Временного правительства». Некрасов отстаивал необходимость формирования коалиционного правительства вместе с умеренными социалистами и оказания ему полной и безоговорочной поддержки. Он выступил против утверждения Милюкова, будто разрушительные силы из числа радикальных социалистов ведут к эскалации революции. По мнению же Некрасова, грань между разрушительными и созидательными силами проходит там, «где кончается чувство государственной ответственности, где… на место государственного порядка ставят принцип анархии и безвластия, где на место государственной справедливости устанавливается идея классовых демагогических интересов». С его точки зрения, только Учредительное собрание, созыв которого следовало всячески ускорить, представляло собой «единственный орган, который может предотвратить всякие узурпаторские попытки присвоить себе законодательную власть со стороны отдельных элементов и организаций».
Следуя своему пониманию хода событий, 27 мая Некрасов подписал правительственный циркуляр о совместной деятельности железнодорожной администрации с профсоюзом железнодорожников. При этом последнему предоставлялось право общественного контроля за работой железнодорожного транспорта и даже право давать указания ответственным административным лицам. В июне 1917 года Некрасов принял также участие в работе I Всероссийского съезда рабочих и солдатских депутатов и II Общеказачьего съезда. В конце июня в составе правительственной делегации (вместе с А. Ф. Керенским, М. И. Терещенко и И. Г. Церетели) Некрасов участвовал в переговорах с украинской Центральной радой и подготовил проект декларации о предоставлении Украине независимости, что послужило одной из причин очередного правительственного кризиса. В разгар кризиса, 3 июля, он демонстративно вышел из кадетской партии и вступил в Российскую радикально-демократическую партию. 8 июля в новом коалиционном кабинете Некрасов занял пост товарища министра-председателя. 21 июля он вслед за Керенским подал в отставку. Но в следующем, третьем коалиционном правительстве, уже представляя радикально-демократическую партию, он снова занял пост вице-премьера, а также министра финансов.
Выход Некрасова из кадетской партии и его переориентация на тесный союз с Керенским усилили неприязнь к нему со стороны лидеров кадетов. В своих воспоминаниях бывшие партийные товарищи Некрасова уличали его в лицемерии, вероломстве и даже предательстве. Недаром к нему еще в 1917 году приклеился ярлык – «злой гений революции». В. Д. Набоков, П. Н. Милюков, В. А. Оболенский отмечали, что обладавший умом, способностями, однако лишенный четких принципов Некрасов из личных расчетов «сделал ставку на фаворита» (в данном случае Керенского), повел рискованную игру и в итоге погубил свою политическую карьеру.
В действительности поведение Некрасова в бурные месяцы 1917 года трудно оценить однозначно. С одной стороны, нельзя не признать его высоких деловых качеств, а также, по-видимому, искреннего стремления к демократизации политического строя и социальных отношений, желания избежать революционных катаклизмов, подобных 1905 году. С другой стороны, сложно понять те политические зигзаги, которые проделал он с февраля по октябрь 1917 года. В любом случае выход Некрасова из кадетской партии и союз с Керенским не могут быть объяснены без учета его жизненных ориентиров и особенностей характера и психологии.
…Его отъезд после окончания института из родного Петербурга в далекий Томск, где недавно был открыт новый институт и предоставлялась реальная возможность для быстрого научного и карьерного роста; его отход от эсеров в 1904 году и вступление в элитную организацию «Союз освобождения»; его стремление быть постоянным оппонентом Милюкову в партии; его нескрываемое желание играть первые роли в думской кадетской фракции, а затем и в первом составе Временного правительства – все это звенья одной цепи. В июльские дни 1917 года Некрасов понял, что кадетская партия утрачивает политическое влияние и все шансы на победу. «Переметнувшись» к Керенскому, Некрасов достиг в новом кабинете ключевых постов. Не исключено, что его политические амбиции простирались и дальше…