Как депутат от Сибири, Некрасов много занимался проблемами своего края. Выступая за политическое равноправие Сибири и Европейской России, он считал, что это требование логически вытекает из «здоровой идеи государственности», ибо «нет более разлагающей государство политики, как политика предпочтения одной части государства перед другой», и высказывался за сочетание национального и административно-территориального принципов государственного устройства, не отказываясь при этом от поддержки идеи областной автономии Сибири. По его мнению, областная дума, наделенная широкими правами и действующая в рамках общегосударственного законодательства, лучше учитывала бы реальные потребности населения Сибири. И с думской трибуны, и в печати Некрасов выступал за введение земства в Сибири, защищал интересы ее коренных народов, настаивал на выделении дополнительных денежных средств, дешевого кредита, организации медицинской помощи, распространении образования. Он считал необходимым принятие законодательных мер по охране коренных жителей от «хищнической эксплуатации», требовал «спасти от полной гибели инородческие племена с их своеобразными приемами хозяйства». Посещая Сибирь в период думских каникул и в ходе депутатских поездок, Некрасов выступал с лекциями и докладами перед своими избирателями. Во время одной из них, 22 сентября 1912 года, он высказался за областную автономию Сибири и обеспечение коренным народам права на самостоятельное устройство своей жизни. Являясь постоянным корреспондентом газеты «Сибирская жизнь», Некрасов в своих статьях высказывался за развитие сибирской промышленности и транспорта, обеспечение сибирскому сырью доступа на внешние рынки, за укрепление безопасности и обороноспособности региона. В IV Государственную думу Некрасов был избран от Томска.
В IV Думе Некрасов стал товарищем председателя кадетской фракции, активно посещал заседания ЦК партии, участвовал во всех партийных конференциях. Начиная с 1912 года Некрасов не только усилил нападки на Милюкова и его линию, но и выдвинул взамен собственную альтернативу, требующую пересмотра партийной программы и тактики. Выступая 24 мая 1913 года на заседании ЦК, Некрасов заявил: «Беречь остатки прошлого, разные религии – не задача для партии к.-д. в настоящее время. Все знают, что и партийная программа в известной части пережила себя; да и организация не может остаться такой, какой она была при открытом существовании партии в стране». Отвечая на упреки Милюкова, что Некрасов якобы хочет создать «новую партию», он заявил: «Никакой новой партии Некрасов не желает и не собирается создавать. Надо лишь сплотить тех, кто имеет право называться кадетами, и предоставить им участие во всех делах партии».
В феврале–марте 1914 года расхождения между Милюковым и Некрасовым усилились. В противовес милюковской тактике «изоляции правительства» Некрасов настаивал на необходимости более решительных действий, ибо, по его мнению, политика правительства, выражающая интересы «своекорыстной олигархии», не только резко противоречит «нуждам населения и Манифесту 17 октября», но и начинает угрожать внешнему могуществу и безопасности государства. Поскольку легальные возможности борьбы с таким направлением правительственной политики были уже исчерпаны, мирный выход из создавшегося тупика представлялся Некрасову маловероятным. Он считал необходимым перейти от «пассивной обороны» к активному наступлению против сил реакции. В этой связи он предлагал: усилить борьбу с антисемитизмом и клерикализмом; перестать игнорировать пролетарское движение и, признав, что рабочие – «в высшей степени активная сила», начать оказывать им моральную и материальную поддержку; уделять больше внимание национальному вопросу и пересмотреть аграрную программу. Он рекомендовал также создать в IV Думе вместе с левыми депутатами общее «информационное бюро», пересмотреть отношение партии к возможности отклонения бюджета, выхода из думских комиссий и использования обструкции в качестве крайнего средства борьбы против правительства.
После начала Первой мировой войны Некрасов был назначен уполномоченным передового отряда Всероссийского союза городов, активно работал в Сибирском обществе помощи больным и раненым воинам и пострадавшим от войны, а также участвовал в заседаниях Особого совещания по обороне государства.