Как самостоятельное подразделение центральных органов военного управления Японии флотская разведка появилась 14 апреля 1872 г. в виде бюро переводов военно-морского министерства. Месяц спустя бюро было упразднено и разведка на правах документационной группы вошла в состав Секретариата министерства. 19 мая 1874 г. группа была развёрнута в самостоятельный министерский отдел переводов, который только частично решал разведывательные задачи, поскольку занимался обработкой поступавшей к нему информации, но не был наделён правом отправки за рубеж резидентов.
8 февраля 1884 г. флотская разведка перешла в ведение 5-го отдела Военного управления военно-морского министерства, отвечавшего за «сбор документов и материалов по военной истории внутри страны и за рубежом, сведений о вооружённых силах иностранных государств, а также перевод, составление, размножение и хранение документов, имеющих практическое значение для флота»[44]
. В декабре того же года отдел сменил номер на 4-й, а полтора года спустя стал 3-м бюро Управления флота Генерального штаба армии. На этом реорганизация флотской разведки не закончилась: в мае 1888 г. на правах 1-го бюро она вошла в Генштаб флота, а в марте 1889 г. стала 3-м отделом Морского штабного управления. Следующим этапом стало образование в мае 1893 г. 2-го бюро Морского Генштаба, отвечавшего не только за сбор информации, но также за инспекцию боевой подготовки. 26 марта 1896 г. бюро выделилось в самостоятельный разведывательный отдел с функциями «ведения агентурной разведки, перевода и издания иностранной военной литературы». В ноябре 1897 г. отдел был переименован в 3-е бюро[45].Несмотря на частую смену вывесок, штаты центрального аппарата военно-морской разведки на всём протяжении её существования оставались небольшими. Так, в соответствии с «Положением о Морском штабном управлении» от 7 марта 1889 г., в 3-м (разведывательном) отделе проходили службу 5 офицеров, в том числе 1 капитан 1-го ранга (начальник отдела), 1 капитан 3-го ранга и 3 капитан-лейтенанта. После организации 19 мая 1893 г. самостоятельного Морского Генерального штаба штаты его 2-го бюро увеличились на 1 офицера, ответственного за обработку военно-технической информации, 18 инженер-капитан-лейтенантов и инженер-капитанов 3-го ранга, а также 6 военно-морских редакторов и младших редакторов, находившихся за границей. Кроме того, по императорскому указу от 18 октября 1890 г. к Морскому штабному управлению были прикомандированы 13 офицеров из числа находившихся за границей резидентов. После образования в марте 1896 г. разведывательного отдела МГШ его численность уменьшилась до 5 офицеров центрального аппарата, 6 прикомандированных офицеров, 6 гражданских специалистов, и только в следующем году вновь образованное 3-е (разведывательное) бюро МГШ стало насчитывать 8 штатных, 10 прикомандированных офицеров и 10 гражданских специалистов[46]
. Для взаимодействия с военной разведкой указом императора от 3 октября 1893 г. ко 2-му бюро МГШ был прикомандирован 1 офицер Генштаба[47].Штаты центрального аппарата военно-морской разведки Японии в 1889–1904 гг.[48]
Все поступавшие в РУ МГШ сведения заносились на картонные карточки, соответствовавшие по цвету определённой стране, которые расставлялись в хронологическом порядке в каталожных ящиках. Сотрудники центрального аппарата флотской разведки вели и регулярно обновляли списки боевых, вспомогательных и транспортных судов с разбивкой по странам и классам, к которым прилагались фотографии кораблей, информация о времени и месте их постройки, тактико-технических характеристиках. Кроме того, в 3-м бюро хранились картотека адмиралов и старших морских офицеров ВМФ крупнейших стран мира, подборки карт главных портов с обозначенными на них портовыми сооружениями, батареями, смотровыми вышками, маяками, библиотека со словарями и справочной литературой по военно-морской тематике.
Ежедневно поступавшие в 3-е бюро доклады военно-морских атташе, резидентов МГШ, командований флотов, военно-морских районов, военной разведки, дипломатических миссий и обзоры иностранной печати тщательно сопоставлялись, сверялись с уже имевшейся информацией и в виде разведывательных сводок МГШ доводились до военно-политического руководства страны, нижестоящих штабов, разведывательных органов ГШ и МИД. Одним из главных потребителей продукции флотской разведки было 1-е бюро (впоследствии отделение) Морского Генштаба, отвечавшее за оперативное планирование и боевую подготовку[49]
.