В 1896 году Иван Михайлович принимал участие в коронации нового императора Николая II и получил командорский крест Саксен-Эрнестинского дома I степени. В 1897 году за заслуги в проведении I Всероссийской переписи населения был награжден орденом Св. Владимира IV степени, В том же году, в возрасте 40 лет, получил назначение на должность костромского губернатора. В 1900 году ему был присвоен чин действительного статского советника.
В период его руководства население Костромской губернии превысило 1,5 млн человек. Рождаемость в губернии в 1899 году возросла почти вдвое по сравнению с концом 80-х годов. В целом для губернии период конца XIX — начала XX века характеризовался рядом положительных социально- экономических тенденций. Возросли урожаи хлебных культур, повысились цены на рабочие руки в сельском хозяйстве при одновременном динамичном развитии промышленных предприятий и отхожих промыслов. Из года в год возрастала выдача ссуд земствами на нужды народного образования и медицинского обслуживания населения (до 33 % губернской земской сметы), на помощь погорельцам, велось школьное строительство.
При И. М. Леонтьеве были открыты железная дорога Кострома — Ярославль (17.12.1897), дом трудолюбия (07.03.1898), казенная телефонная сеть (01.11.1899), Федоровская община сестер милосердия Красного Креста (16.08.1900), попечительство о народной трезвости (05.04.1900) в Костроме и построены казенные винные склады в Ветлуге, Галиче, Костроме и Юрьевце (1901–1902). «Казенная продажа вина, — утверждал губернатор, — несомненно, должна урегулировать потребление оного, в особенности в фабричном районе, и при развитии деятельности Попечительства о народной трезвости может дать нормальный способ употреблению досуга и избавить население от соблазна трактирной и кабацкой жизни».
Известна причастность губернатора к открытию Юрьевецкой женской гимназии (1899), Костромской торговой школы (1900) и строительству здания Кинешемского реального училища на средства одного из крупнейших костромских фабрикантов И. А. Коновалова (1904). И. М. Леонтьев уделял большое личное внимание вопросам неукоснительного исполнения владельцами промышленных заведений «их обязанностей по содержанию фабричных школ при фабриках, где применен труд малолетних». Под его личным контролем находилось и развитие школ других типов (земских, церковно-приходских). В 1900 году в своем ежегодном отчете императору он писал по этому поводу: «Во время ревизий прошлого года и посещения значительного количества школ разных категорий я лично убедился в нормальном развитии народного образования благодаря удовлетворительному подбору учительского персонала, достаточному надзору за ними в связи с правильным расходом отпускаемых на то средств».
Одновременно с губернаторской должностью в Костроме И. М. Леонтьев исполнял целый ряд почетных должностей и званий, в том числе члена костромского управления Красного Креста, Нерехтского благотворительного общества, товарища председателя костромского отдела Палестинского общества, пожизненного почетного члена Ивановского сельского попечительства детских приютов Кологривского уезда Костромской губернии и др.
На посту костромского губернатора И. М. Леонтьев для многих был ярким примером неутомимого руководителя, умелого организатора, способного побудить к труду не только своих сотрудников, но и всех окружающих. Его успешная деятельность не осталась незамеченной верховной властью, и в 1902 году он назначается владимирским губернатором. В 1903 году был награжден орденом Св. Владимира III степени.
Владимирское губернаторство И. М. Леонтьева (1902–1906) пришлось на очень трудное для России время. Русско-японская война и первая российская революция, массовые выступления рабочих, участившиеся покушения на губернаторов и многое другое основательно подорвали его здоровье. К тому же правительство было крайне недовольно губернатором, у которого возник первый Совет, а выступления рабочих переросли в вооруженные столкновения.
В 1906 году И. М. Леонтьев оставляет пост владимирского губернатора и назначается почетным опекуном Опекунского совета ведомства учреждений императрицы Марии по Московскому присутствию. Через год получает чин тайного советника и орден Св. Анны I степени. В это время И. М. Леонтьев тяжело заболевает. Скончался он в Новороссийске. Похоронен на родовом кладбище села Воронино Ростовского уезда Ярославской губернии.
ЛЕОНИД МИХАЙЛОВИЧ КНЯЗЕВ (21.06.1851–1929)