Василий, велев написать к мятежникам, что ждет их раскаяния и еще медлит истребить жалкий сонм безумцев, спокойно устроил защиту города, предместий и слобод. Духовенство молилось; народ постился три дни и, видя неустрашимость в государе, сам казался неустрашимым. Воины, граждане по собственному движению обязали друг друга клятвою в верности, и никто из них не бежал к злодеям. Полководцы, князья Скопин-Шуйский, Андрей Голицын и Татев расположились станом у Серпуховских ворот, для наблюдения и для битвы в случае приступа. Высланные из Москвы отряды восстановили ее сообщение с городами, ближними и дальними. Патриарх, святители писали всюду грамоты увещательные: верные одушевились ревностию, изменники устыдились. Тверь, Смоленск служили примером: их дворяне, дети боярские, люди торговые кинули семейства и спешили спасти Москву. К добрым тверитянам присоединились жители Зубцова, Старицы, Ржева; к добрым смолянам граждане Вязьмы, Дорогобужа, Серпейска, уже не преступники от малодушия, но снова достойные россияне; везде били злодеев; выгнали их из Можайска, Волока, обители Св. Иосифа; не давали им пощады: казнили пленных.
Тогда же в Коломенском стане открылась важная измена. Болотников, называя себя воеводою царским, хотел быть главным; но воеводы, избранные городами, не признавали сей власти, требовали Димитрия от него, от Шаховского: не видали и начинали хладеть в усердии. Ляпунов первый удостоверился в обмане и, стыдясь быть союзником бродяг, холопей, разбойников без всякой государственной, благородной цели, первый явился в столице с повинною (вероятно, вследствие тайных, предварительных сношений с царем); а за Ляпуновым и все рязанцы, Сунбулов и другие.
Василий простил их и дал Ляпунову сан думного дворянина. Скоро и многие иные сподвижники бунта, удостоверенные в милосердии государя, перебежали из Коломенского в Москву, где уже не было ни страха, ни печали; все ожило и пылало ревностию ударить на остальных мятежников. Василий медлил; изъявляя человеколюбие и жалость к несчастным жертвам заблуждения, говорил: «Они также русские и христиане: молюся о спасении их душ, да раскаются, и кровь отечества да не лиется в междоусобии!» Василий или действительно надеялся утишить бунт без дальнейшего кровопролития, торжественно предлагая милость самым главным виновникам оного, или для вернейшей победы ждал смолян и тверитян: они соединились в Можайске с воеводою царским Колычевым и приближались к столице.
Еще мятежники упорствовали в намерении овладеть Москвою; укрепили Коломенский стан валом и тыном, терпеливо сносили ненастье и холод глубокой осени; приступали к Симонову монастырю и к Тонной, или Рогожской, слободе; были отражены, лишились многих людей и все еще не унывали – по крайней мере Болотников: он не слушал обещаний Василия забыть его вину и дать ему знатный чин, ответствуя: «Я клялся Димитрию умереть за него и сдержу слово: буду в Москве не изменником, а победителем»; уже видел знамена тверитян и смолян на Девичьем поле; видел движение в войске московском и смело ждал битвы неравной.
Василий, сам опытный в деле бранном, еще не хотел и пред стенами Кремлевскими ратоборствовать лично, как бы стыдясь врага подлого; хотел быть только невидимым зрителем сей битвы: вверил главное начальство усерднейшему или счастливейшему витязю: двадцатилетнему князю Скопину-Шуйскому, который свел полки в монастыре Даниловском, и мыслил окружить неприятеля в стане. Болотников и Пашков [2 декабря] встретили воевод царских: первый сразился как лев; второй, не обнажив меча, передался к ним со всеми дворянами и с знатною частию войска. У Болотникова остались козаки, холопы, северские бродяги; но он бился до совершенного изнурения сил и бежал с немногими к Серпухову: остальные рассеялись. Козаки еще держались в укрепленном селении Заборье и наконец с атаманом Беззубцевым сдалися, присягнув Василию в верности. Кроме их, взяли на бою столь великое число пленных, что они не уместились в темницах московских и были все утоплены в реке, как злодеи ожесточенные; но козаков не тронули и приняли в царскую службу. Юноше-победителю, князю Скопину, рожденному к чести, утешению и горести отечества, дали сан боярина, а воеводе Колычеву – боярина и дворецкого. Радовались и торжествовали; пели молебны с колокольным звоном и благодарили Небо за истребление мятежников, но прежде времени.