С одной стороны, тлинкиты даже без подстрекательств Барбера и ему подобных представляли собой немалую проблему, будучи весьма воинственными. Они конфликтовали не только с русскими, но и с аборигенами Аляски. С другой стороны, с Барбером они ладили и даже союзничали, и тому были вполне очевидные, хотя и печальные причины.
Главный правитель российских колоний Александр Баранов был справедлив, но суров. Главное же, Баранов и вообще русские не платили ни за меха, ни за приязнь и дружество спиртным. А у янки — и у пиратов вроде Барбера, и у торговцев-«бостонцев» — основными меновыми товарами были виски, оружие и боеприпасы, причём всё скверного качества. Так убивались сразу три зайца: первое — задёшево приобретались ценные меха; второе — тлинкиты, спиваясь, оказывались привязанными к янки алкогольной зависимостью и, наконец, третье — последнее по счёту, но не по важности — пристрастившихся к виски и вооружённых огнестрельным оружием индейцев было проще и легче подбивать на вооружённые столкновения с русскими промышленными партиями и на нападения на русские поселения.
В мае — июне 1802 года тлинкитами была атакована Якутатская партия Ивана Кускова — будущего учредителя калифорнийской колонии Форт-Росс, а также почти поголовно вырезана Ситкинская партия партовщика РАК Ивана Урбанова. В сделанной позднее Кириллом Тимофеевичем Хлебниковым «Выписке о несчастных случаях, последовавших в бытность г. Баранова» среди прочих пунктов находим: «1802. В ситихинской партии Урбанова, в то время как взята крепость, убито колошами — 165».
Были захвачены и сожжены русское поселение Михайловское на острове Ситка и Михайловская крепость (крепость Св. Архистратига Михаила), где погибло 20 русских промышленников, 130 алеутов, эскимосы, служившие в РАК, — всего 250 человек. Тлинкиты разграбили и склад РАК.
А 13 июля 1804 года в гавань Св. Павла на острове Кадьяк вошла «Нева» Лисянского. Там Лисянского ожидало письмо А. А. Баранова с просьбой о помощи. Сам Баранов ещё по весне выступил со 120 русскими промышленниками и 800 алеутами на 4 кораблях и 300 байдарах к Ситке — «сворачивать» возникшую негативную ситуацию.
В сентябре силы Баранова и «Нева» соединились у Ситкинского залива и начались непродолжительные военные действия. Вскоре всё завершилось взятием индейской крепости — выстроенной, скорее всего, под влиянием янки, и очередным замирением с тлинкитами. В брошенной крепости осталось около сотни русских ядер, две небольшие пушки, несколько сломанных ружей, до полусотни трупов, и ещё одно, о чём сошедший на берег Лисянский позднее написал так: «…я увидел самое варварское зрелище, которое могло бы даже и жесточайшее сердце привести в содрогание. Полагая, что по голосу младенцев и собак мы можем отыскать их в лесу, ситкинцы предали их всех смерти».
По окончании боёв вместо разорённого Михайловского Барановым был основан Ново-Архангельск с крепостью о шести пушках. Он и стал столицей Русской Америки. Сразу же начались и строительные, и оборонные работы. Пока что приходилось жить, будучи постоянно готовым к отпору враждебным «колошам». Резанов, после прибытия в российские колонии, сообщал в Петербург: «Всюду в проливах выстроили крепости… пушки наши всегда заряжены, везде не только часовые с заряженными ружьями, но и в комнатах у каждого из нас оружие составляет лучшую мебель».
Лишь во второй половине лета 1805 года Лисянский ушёл из Ново-Архангельска курсом на южнокитайский порт Кантон (Гуаньчжоу). С 1757 года это был единственный китайский порт, открытый для иностранной торговли, а экспедиция имела, кроме прочего, и задание установить морскую торговлю с Китаем в дополнение к традиционной сухопутной, которую Россия вела с китайцами через пограничную восточносибирскую Кяхту в Забайкалье.
В Кантон же направлялась из камчатской Петропавловской гавани и «Надежда» Крузенштерна. Она успела раз там уже побывать, потом зайти в японский порт Нагасаки, доставить туда Резанова и из Японии вернуться на Камчатку с Резановым же, о чём — позже.
Между прочим, на Камчатке Крузенштерн оставил часть корабельных орудий, необходимых для отражения налётов американских банд уже и на Камчатку. Русская активность в Тихом океане нравилась янки всё менее, и они начинали вести себя всё более нагло и беззаконно. Оставил Крузенштерн камчатским жителям и запас соли на несколько лет, в чём они терпели жестокую нужду.
В НОЯБРЕ 1805 года оба судна пришли в Кантон… «Надежда» добиралась от Камчатки до Кантона сорок дней, а «Нева» от Ново-Архангельска (Ситки) — намного дольше. Выйдя 21 июня русского стиля из Ситки, она, по донесению главного комиссионера русской кругосветной экспедиции, приказчика РАК Фёдора Ивановича Шемелина, пришла на Кантонский рейд только 22 ноября. И вот об этой задержке надо сказать особо, прямо предоставив слово Шемелину, который 21 декабря 1805 (2 января 1806) года сообщал Главному правлению РАК из Кантона: