К тому же, как свидетельствуют архивные материалы, его и не сильно уговаривали остаться в РСУ. Уже в апреле 1939 года ректором университета единогласно был избран профессор ботаники В. С. Ильин. Новый руководитель учебного заведения был ярым антисоветчиком и абсолютно лоялен к нацистам. Очевидно, политические взгляды Ильина ничуть не смущали в то непростое время членов Совета преподавателей РСУ, безоговорочно отдавших голоса своему избраннику.
После избрания нового ректора при университете создаются специальные кружки, в которые зачисляются слушатели из числа бывших офицеров и солдат, а также молодежь призывного возраста. В стенах учебного заведения целенаправленно получали знания потенциальные участники военных действий на территории Советского Союза. Это следовало из формулируемых учебных тем военной подготовки: о русско-германских отношениях; о Красной Армии; о Красной коннице; о взаимодействии пехоты и артиллерии в бою; о санитарной и медицинской помощи в боевых условиях и тому подобное.
К началу Великой Отечественной войны на территории Советского Союза ректору В. С. Ильину удалось объединить под эгидой РСУ практически все значительные учреждения и организации русской эмиграции в Праге. Помимо Культурно-исторического музея в состав РСУ вошли Русская библиотека, включая общество «Русской библиотеки», Русское историческое общество, включая библиотеку Общества и другие. Е. П. Аксенова и М. Ю. Досталь считают, что «…Такая концентрация научных сил русской эмиграции была не столько в интересах перечисленных русских институций, сколько определялась необходимостью их самосохранения (поскольку немецкие власти оказывали поддержку университету). С точки зрения властей (фашистская Германия), объединение большой группы ученых в одном центре создавало удобство наблюдения за ними».
Очевидно, ректор РСУ неплохо справился с поставленными оккупационными властями перед ним задачами и вошел в их доверие. Начиная с 1941 года В. С. Ильин был назначен уполномоченным фашистского Управления делами русской эмиграции в Протекторате и каждый месяц представлял в Берлин доклад «обо всем происходящем в общественной жизни русской эмиграции в Протекторате»… Помимо этого, Ильин обязан был отчитываться перед проректором немецкого Карлова университета Гервигом Гампрлем, под наблюдение которого был также отдан РСУ. Все документы РСУ должен был согласовывать с профессором Гампрлем и утверждать в полицейском управлении Праги.
Известие о вступлении фашистской Германии в войну с Советским Союзом внесло оживление в ряды тех русских ученых-эмигрантов в Праге, которые никак не могли расстаться с давно заплесневелой идеей о возможности применения «сохраненного ими на чужбине научного и культурного русского потенциала» на освобожденной от большевиков родине. Реалии не брались во внимание: они жили воспоминаниями о будущем, которого никогда не будет…
И, естественно, некоторые из них достижение своей цели видели в сотрудничестве с фашистскими войсками — в данном случае «освободителями» России от ненавистных большевиков. «Сработало» древнее правило: «Враг моего врага — мой друг…» Кто-то сразу объявил о верноподданничестве нацистам, иные по-прежнему молчали, искусственно пытаясь отмежеваться от горьких размышлений «уходом с головой» в работу: в научные исследования, в преподавательскую, лекционную деятельность и тому подобное.
Очевидно, панический страх — ни в коем случае не вызвать раздражение и недовольство немецких хозяев — заставлял порой людей переступать черту. После рассекречивания части архивов русские ученые представили широкой публике интереснейшие документы, дающие не только пищу для раздумий мыслящим людям, но зачастую служащие импульсом для дальнейших исследований и открытий.
Неблаговидная роль руководства РСУ в деле, связанном с арестом директора Русского культурно-исторического музея В. Ф. Булгакова, прослеживается в письме В. С. Ильина, написанном в 1941 году из Бадена в Прагу — своему коллеге, заместителю председателя Совета преподавателей РСУ А. Н. Фатееву: «О Булгакове поговорите с Гамперлем (в те времена — проректор немецкого Карлова университета, контролирующий все действия РСУ). Я бы предложил следующий проект отношений к Булгакову: если документ… действительно инкриминирующий и его уличающий в коммунизме, хотя бы и в христианском, то его, конечно, нам защищать и покрывать не следует, иначе тень падает и на нас. Подобный опыт, и не раз, уже пережили воинские организации и для них это кончилось плохо. Булгакова, в случае его связи с коммунистами, нужно удалить и разоблачить самим…»