В июле 1795 г. Петр Иванович командовал 1-м батальоном Лифляндского егерского корпуса. Со следующего года он – командир 7-го егерского батальона, еще через два года Багратиона произвели в полковники. Инспектируя полк Багратиона, въедливый А. А. Аракчеев в 1798 г. нашел его «в превосходном состоянии». С этого времени Аракчеев благоволил к Багратиону и позднее даже начал переписываться с ним. Бывая в Петербурге, Багратион сошелся с «золотой молодежью» и наделал долгов, но, как вспоминал потом Ермолов, «настоящая война, отделяя его от приятелей, предоставив собственным средствам, препроводила его в Италию под знамена Суворова».
В Итальянском и Швейцарском походах генерал-майор Багратион командовал одним из элитных егерских полков. Князь Петр был самым младшим из генералов, но судьбе было угодно, чтобы он стал незаменим для «русского Марса». Во время Итальянского похода, а также перехода через Альпы Суворов всегда давал Багратиону наиболее ответственные и тяжелые поручения. «Генерал по образу и подобию Суворова», – уже тогда стали говорить о нем.
Благодаря смекалке и отличному знанию полководческой манеры Суворова Петр Иванович смог стать командиром авангарда: он быстрее командовавшего целым корпусом генерала от инфантерии 59-летнего Андрея Григорьевича Розенберга сообразил, что означает приказ Суворова немедленно выделить «два полчка пехоты и два полчка казачков», т. е. немедля и быстро выступать вперед с оными полками.
Багратион стал широко известен благодаря своим умелым действиям после того, как во главе авангарда русско-австрийской армии взял штурмом крепость Брешиа, овладел городами Пуштол о (Палацалло), Бергамо и Лекко, отличился в многодневных сражениях на берегах рек Аллы и Треббии и, наконец, в битве при Нови, которая решила исход кампании. Везде уступая неприятелю численно, он проявлял исключительную храбрость и появлялся в самых опасных местах, был дважды ранен – в плечо и в ногу, но не покидал войск.
В жестоком бою на берегах Аллы именно поддержка генерала М. А. Милорадовича позволила ему выпутаться из очень сложной ситуации в борьбе с будущим маршалом Франции, а тогда дивизионным генералом Серюрье. Милорадович передал свой батальон Багратиону, чтобы тот сам довел дело до победного конца. В тяжелейшем сражении на берегах Треббии ему пришлось не единожды преодолевать отчаянное сопротивление польских легионеров Домбровского, яростно мстивших русским за недавнее поражение. В сражении у Нови Суворов возложил на князя Петра ответственность за проведение решающего удара. Тот действовал порой весьма рисково – подпускал врага на полтораста шагов и, открыв убойный огонь, тут же кидался с гренадерами в штыки.