Вечером 29 августа упомянутая комиссия явилась в подворье русского Пантелеимоновского монастыря. Брат мустешара и начальник явился на четверть раньше, опасаясь, чтобы отцы не разбежались. Осведомившись о том, что отцы дома, он вызвал отца Алексея для переговоров. Но истинное значение этих переговоров открылось тотчас же, потому что в дверях подворья появилась целая толпа военных людей. Это были жандармский полковник, два офицера, полицейский и десять солдат, вооруженных тесаками и револьверами. Брат мустешара прямо приступил к делу. Он потребовал к себе всю корреспонденцию, т. е. письма благодетелей, жертвователей и ответы на них афонских отцов. Требование было исполнено немедленно. Взятые письма были собраны в платок. Но этим члены комиссии не удовлетворились. Подозревая, что отцы самые важные письма скрывают, члены комиссии приступили к самому тщательному обыску внутренних жилых помещений и наружных надворных пристроек: они взламывали сундуки, дулапы (поставцы), столовые ящики, осматривали постели, конюшни, отхожие места, сараи и т. д. Но все усилия и старания найти что-нибудь подозрительное, вроде, например, скрытого военного оружия или секретных писем, оказались тщетными. На этом, однако, дело не остановилось. По окончании обыска отцам приказано было следовать за ними для объяснения с пашой. Отцы исполнили приказание и были отведены под конвоем во двор суда, где должны были более часу ожидать приезда паши. Когда появился паша, опросил каждого вопросами: кто вы? и откуда? и, получив ответы, молча удалился. Отцы продолжали стоять на дворе. Наступила ночь. «Ночь уже совершенно застигла нас в гостях, – иронически замечает о. Алексей в своем письме. – Турки и мустешар сами выразились, что мы у них в гостях, а не под стражей, но избави Боже всякого человека от такой гостеприимности! Наконец, уже поздно вечером отцов ввели в сторожевую комнату, где помещались караульные солдаты. От табачного дыму и зловония отцы задыхались. Предложен был обед, но узники, несмотря на аппетит, отказались от еды. Подано было кофе. Около полночи отцов перевели в комнату темницы, где днем принимаются арестанты. Пробывши ночь в этой комнате, – пишет о. Алексей, – мы много передумали о своей судьбе и всю ночь слушали звук желез, которыми были скованы бедные узники – славяне. Звуки эти не давали нам спокойно спать. Унылый тон желез вонзался и в наши сердца. На другой день мы уже ждали чего-то решительного в своей участи, но ее не было». В этой комнатке, в страшной жаре, духоте и зловонии, голодными просидели отцы целых три дня. Хлеба было достать им трудно, но если и доставали, то он «от скорби и тесноты сердечной» не съедался. Через три дня отцы были отведены и временно водворены уж в настоящей тюрьме, в полной неизвестности относительно своей участи. В конце недели им объявили, что они будут судимы военным судом, и в субботу их водили в сераскириат, но потом снова водворили на прежнее место. Суд не состоялся якобы потому, что судьи разошлись по домам. В воскресение объявили отцам, что они будут отправлены для суда и сдедствия в Константинополь. В полдень даже провели их под конвоем 50 человек солдат до пароходной пристани и обратно назад в тюрьму по той причине, что в этот день не было парохода в Константинополь. Утром в понедельник о. Алексей с товарищем предстали на суд пред комиссиею из пяти членов под председательством мустешара Костантинидиса. Каждому из обвиняемых были предложены следующие вопросные пункты: кто и откуда родом? Для чего приехали из России жить на Афон? Кто у вас игумен? Сколько монастырь получает доходов? – и проч. Здесь снова было объявлено отцам, что они будут отправлены в Константинополь на суд высшего начальства и для перевода на турецкий язык отобранной у них корреспонденции.