Настоятелем Андреевского храма с конца XIX в. по 1934 г. являлся архимандрит Софроний (Баринов), затем иеромонах Мелетий, а с 1940 г. – иеромонах Никон. Один из русских беженцев так писал о своем пребывании на Андреевском подворье в 1920-е гг.: «Здесь не пресеклось православное уставное богослужение, чинное, благоговейное, странно спокойное на фоне всеобщего разрушения, при пении не многолюдного, но дивного хора… Здесь – старая Россия, даже этот запах трапезы в часы стола, эта старая афонская, такая вдумчивая, такая любвеобильная и смиренная вежливость». В 1928–1929 гг. настенные росписи церкви в «нестеровском стиле» выполнил художник Н.П. Перов. Он же написал восемь образов в иконостасе52
.В Пантелеимоновском храме весь XX век служили монахи Свято-Пантелеимоновского монастыря. Этот храм славился своим прекрасным хором, основанным в 1925 г. музыкантом Б.Б. Разумовским. Регентом хора долгое время был художник Н.К. Перов, украсивший в 1920-е гг. стены церкви росписями. Умерших в Стамбуле русских эмигрантов хоронили на русском участке греческого кладбища в северном квартале Шили, где была построена небольшая часовня53
.В конце 1929 г. турецкие власти, пытаясь возместить ущерб, нанесенный национализацией собственности турецких граждан в СССР, реквизировали все три подворья и опечатали их храмы. Подворья заняли турецкие учреждения и квартиросъемщики. В связи с этим советское правительство предприняло новую попытку завладеть подворским имуществом. Только в 1934 г., благодаря заступничеству Вселенского Патриарха и помощи Европейской комиссии, улаживавшей споры турок с греками, суд принял решение вернуть русским монахам их здания, и богослужения возобновились (при этом исчезнувшую церковную утварь вернуть не удалось). Правда, полностью опасность не была устранена. 6 октября 1935 г. архиепископ Дамиан (Говоров) писал Архиерейскому Собору в Сремских Карловцах, что в Константинополе русские церкви не ограждены от большевиков, и необходима апелляция по делу их имущества к стамбульским властям Свято-Владимирского братства54
.В 1939 г. была образована приходская община при Пантелеимоновской церкви, а в 1943 г. – при Андреевском храме. Летом 1940 г. архимандрит Серафим (Палайда) был принят Константинопольским Патриархом, что обсуждалось на заседании Архиерейского Синода РПЦЗ от 22 августа55
. После оккупации весной 1941 г. Югославии связь русских общин с Архиерейским Синодом в Белграде была надолго прервана. Только 9 декабря 1941 г. Первоиерарх РПЦЗ митрополит Анастасий получил первое письмо от своей паствы из Стамбула, переданное через немецкого лютеранского священника в Белграде56.27 июля 1942 г. Первоиерарх неканоничной автокефальной Хорватской Православной Церкви митрополит Гермоген (Максимов) сообщил архимандриту Серафиму (Палайде) о создании возглавляемой им Церкви и предложил занять пост епископа в ней, однако о. Серафим ответил отказом57
.3 ноября 1943 г. архим. Серафиму были высланы постановления Венского совещания архиереев РПЦЗ (о непризнании избрания митрополита Сергия Патриархом Московским и всея Руси) для последующей передачи Константинопольскому Патриарху Вениамину58
. Это оказало определенное (впрочем, непродолжительное) воздействие, в конце ноября секретарь Патриарха вызвал двух иеромонахов из русских афонских подворий и сказал им, что они пока должны воздержаться от поминания Владыки Сергия, так как обстоятельства его избрания еще не выяснены59.18 июля 1944 г. митрополит Анастасий написал Вселенскому Патриарху о неканоничности автокефальной Украинской Православной Церкви и известил о постановлении Архиерейского Синода РПЦЗ (от 10 апреля 1944 г.) не вступать в молитвенное общение со священнослужителями этой Церкви до их покаяния60
.В последние годы Второй мировой войны и вскоре после ее окончания до Турции докатилась вторая волна русских беженцев. Это были как белые эмигранты, жившие до прихода советских войск на Балканах, так и советские граждане с бывших оккупированных территорий СССР. Однако большинство их задержалось в Турции недолго, опасаясь дальнейшего продвижения советских войск или победы коммунистов в гражданской войне в соседней Греции, они старались уехать подальше – в Палестину, Северную Африку или США. В этот период – в 1945–1946 гг. русская стамбульская община во главе с архим. Серафимом выдержала трудную борьбу за свою юрисдикционную принадлежность, но все-таки фактически осталась в составе РПЦЗ61
.