В этом году чудотворную икону, ставшую как бы целительницей России, снова привезли в страну в сопровождении будущего игумена Свято-Андреевского скита иеромонаха Иосифа (Беляева) для постоянного пребывания в столице Российской империи. С 3 марта 1890 г. образ Божией Матери «В скорбех и печалех утешение» в течение месяца провезли по многим городам России и, наконец, доставили на петербургское подворье скита, где и поместили в храм на первом этаже. Везде к иконе устремлялось огромное количество верующих, происходили новые исцеления. Накануне отправления чудотворной иконы в Санкт-Петербург в Свято-Андреевском скиту был изготовлен и оставлен список с нее.
17 октября 1890 г. на колокольню Благовещенской церкви петербургского подворья были подняты колокола, самый большой из которых весил 73 пуда. 19 января 1891 г. ректор Санкт-Петербургской Духовной Академии и будущий известный митрополит епископ Выборгский Антоний (Вадковский) освятил в главном храме на втором этаже правый придел во имя св. ап. Андрея Первозванного и вмц. Феклы (перед престолом располагался прекрасный образ «Моление о чаше»). 4 февраля 1892 г. митрополит Исидор освятил левый придел в честь прп. Исидора Пелусиота и св. равноап. Марии Магдалины. Наконец, 22 октября 1892 г. новый Санкт-Петербургский митрополит Палладий (Раев) освятил главный престол Благовещения Пресвятой Богородицы6
.Церковные иконостасы были изготовлены из дуба в древнерусском стиле по рисункам Н.Н. Никонова, образа написали афонские монахи. Главной святыней в храме была упомянутая чудотворная икона «В скорбех и печалех утешение», перед которой 19 ноября, когда в России от нее свершилось первое чудо, служился торжественный молебен. В праздник св. ап. Андрея Первозванного литургия сопровождалась пением на афонский манер. С Афона были привезены частицы мощей Двенадцати мучеников и частица Животворящего Древа Господня (помещенные в специальный мощевик), и оттуда же к Вербному воскресенью доставлялись освященные лавровые ветки, раздаваемые молящимся. Благовещенский храм быстро стал центром распространения в российской столице святогорского благочестия и богослужебных традиций. Афонский устав, которого строго придерживались долго жившие на Святой Горе монахи подворья, привлекал в храм множество благочестивых богомольцев.
Первым начальником подворья в 1889–1890 (а затем с перерывами в 1891–1898 гг.) и фактическим строителем его был известный церковный деятель архимандрит Давид (в миру Дмитрий Иванович Мухранов). Он родился в крестьянской семье с. Жданово Ждановской волости Курмышевского уезда Симбирской губернии, принял монашеский постриг в зрелые годы, после военной службы. В период заведования подворьем Свято-Андреевского скита о. Давид устроил в Санкт-Петербурге несколько благотворительных учреждений, в 1898 г. он вернулся на Афон. Во время изгнания при имяславской смуте в январе 1913 г. игумена Иеронима архим. Давид был избран братией Свято-Андреевского скита на его место, но после насильственного удаления в июле 1913 г. из скита 185 имяславцев игумен Иероним был возвращен на свое место, а о. Давид, принеся покаяние перед Вселенским Патриархом, был вынужден навсегда покинуть Святую Гору. После начала Первой Мировой войны он жил в Москве, возглавляя там местных сторонников имяславия. В начале 1920-х гг. архимандрит сослужил Патриарху Московскому и всея России Тихону, был хорошо знаком со священномучеником о. Павлом Флоренским; являлся духовным отцом некоторых видных представителей интеллигенции: декана Московского университета и президента математического общества Д.Ф. Егорова, знаменитого философа А.Ф. Лосева и его жены В.М. Лосевой. В конце 1927 г. архим. Давид присоединился к течению иосифлян, боровшихся против компромиссного курса Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) по отношению к советской власти. Скончался о. Давид 5 июня 1931 г. в Московской области7
.Следует также упомянуть, что в 1890–1891 гг. начальником подворья служил иеромонах Иосиф (Беляев), избранный братией 3 декабря 1891 г. игуменом Свято-Андреевского скита на Афоне.