Перемены в духовной жизни И.М. Сибирякова почти совпали по времени с прибытием в Санкт-Петербург с Афона главной святыни Свято-Андреевского скита – чудотворной иконы Божией Матери «В скорбех и печалех утешение». Именно этот чудотворный образ имел решающее значение в главном выборе жизни Иннокентия Михайловича, молившегося пред иконой вместе с настоятелем петербургского подворья скита иеромонахом Давидом (Мухрановым), который получил откровение о будущем монашестве Иннокентия и сообщил ему об этом. В начале 1900-х гг. иеросхимонах афонского Свято-Пантелеимоновского монастыря о. Владимир так описал это событие в своем дневнике: «В то время явился к Сибирякову отец Давид Андреевский, с чудотворною иконою и открыл ему видение, что он должен быть монахом у них в скиту. Сибиряков ответил, что и у него есть уже стремление к этому. Вот с того момента он и поступил к ним, сначала на подворье в Санкт-Петербурге, а потом и сюда на Афон и вполне предал свою волю отцу Давиду, даже и с многомиллионным капиталом»17
.Родные и близкие Иннокентия Михайловича несколько лет безрезультатно пытались отговорить его от ухода в монастырь. В это время И.М. Сибиряков по-прежнему не оставлял своей благотворительной деятельности, особое внимание уделяя духовному просвещению Сибири – он высылал туда книги в библиотеки по списку, рекомендованному Святейшим Синодом. На устройство детского приюта для девочек при Литейно-Таврическом кружке «Общества пособия бедным женщинам» Иннокентий Михайлович пожертвовал свой дом в Райволо (ныне Рощино) и капитал в 50 тыс. рублей. В 1896 г. И.М. Сибиряков передал 10 тыс. рублей Спасо-Преображенскому Валаамскому монастырю для строительства Воскресенского скита на месте, где стояла часовня св. ап. Андрея Первозванного (построенная двухэтажная церковь Воскресения Христова и все строения скита сохранились до наших дней). Известно, что и Коневецкому монастырю была пожертвована такая же сумма. При этом, по свидетельству современников, сам И.М. Сибиряков жил скромно, избегая роскоши и комфорта и даже отказывая себе во многом.
Между тем под руководством ставшего его духовным отцом иеромонаха Давида Иннокентий Сибиряков начал осваивать азы духовного делания и утвердился в намерении принять монашеский постриг на Афоне. При этом о. Давид хотел показать Иннокентию Михайловичу все сложности монашеской жизни, для чего они предприняли совместную поездку на Святую Гору. В ходе этой поездки произошло знаменательное событие. В Свято-Андреевскомскиту уже 25 лет строился огромный собор св. ап. Андрея Первозванного, но строительство шло чрезвычайно медленно из-за недостатка средств; в таком же незавершенном состоянии находилось строительство больничного корпуса с храмом свт. Иннокентия Иркутского. Желая помочь насельникам скита, вскоре после возвращения со Святой Горы Иннокентий Михайлович передал своему духовнику для завершения работ на петербургском подворье скита и на строительство собора св. ап. Андрея Первозванного и храма свт. Иннокентия Иркутского колоссальную для того времени сумму – 2400 тыс. руб.18
. Именно на средства своего духовного сына о. Давид устроил в Санкт-Петербурге несколько благотворительных учреждений.Постепенно И.М. Сибиряков твердо осознал, что монашество является единственно приемлемым для него путем, и в 1894 г. поступил в число насельников Свято-Андреевского подворья в Петербурге, в здании которого стал с того времени жить. Здесь 1 октября 1896 г., в возрасте 35 лет, Иннокентий Сибиряков принял от о. Давида постриг в рясофор и немедленно отправился на Афон в Свято-Андреевский скит. Скинув мирской костюм и примеряя монашеский подрясник, он произнес знаменательные слова: «Как хорошо в этой одежде! Нигде не давит! Слава Богу! Как я рад, что в нее оделся!»19
.Особенно привлекала о. Иннокентия безмолвная жизнь иноков. Возможно, в поисках уединения на него повлиял пример известного подвижника Свято-Андреевского скита молчальника Андрея, подвизавшегося за пределами обители. Отец Иннокентий взял благословение у игумена и построил недалеко от скита небольшую келлию с храмом в честь вмц. Варвары, прп. Михаила Клопского и прп. Давида Солунского, небесных покровителей его родителей и архимандрита Давида20
. Там он поселился вместе со своим духовным отцом, с которым теперь был связан неразрывно. Поэтому, когда о. Давида на короткое время снова назначили настоятелем Санкт-Петербургского подворья скита, инок вместе с ним приехал в столицу. В 1898 г. его духовный наставник вновь вернулся на Афон, и с ним о. Иннокентий. Там он 28 ноября 1898 г. принял постриг в мантию с именем Иоанн в честь Предтечи Иоанна – Крестителя Господня. По свидетельству иеромонаха Серафима, «с принятием ангельского образа инок Иоанн душевно оплакивал, что много времени потратил на суету и изучение мудрости века сего». Менее чем через год, 14 августа 1899 г., монах Иоанн принял постриг в святую схиму с именем Иннокентий в честь святителя Иннокентия Иркутского21.