20 сентября 1923 г. архиепископ Хризостом в письме к митрополиту Антонию (Храповицкому) предупредил его, что Элладская Церковь на своей территории не может признать за русскими права, которого и сама не имеет перед светскими властями страны, и отметил, что формирование Епархиального органа не является необходимым, поскольку в Греции существуют лишь три русских церкви и количество их прихожан очень мало. Владыка Хризостом также подчеркнул, что формирование Епископского совета или любого другого органа с законодательными функциями, у которого есть свой устав и печать, возможно лишь с разрешения светских властей Греции31
.Дополнительные трения вызвал вопрос о юрисдикции бракоразводных процессов. Когда Епископский совет во главе с епископом Гермогеном приступил к проведению этих процессов среди русских беженцев, Элладская Церковь отреагировала на это негативно. Согласно греческому законодательству, лишь после развода гражданским судом приступали к церковно-каноническому расторжению брака. Исходя из этого, Элладская Церковь категорически отказалась признать законность бракоразводных процессов, проведенных Епископским советом32
.После того, как Константинопольская Патриархия опубликовала апрельское 1922 г. решение Патриарха Московского и всея России Тихона о ликвидации Высшего Русского Церковного Управления за границей, а затем отказалась признать образованный вместо последнего Архиерейский Синод в Сремских Карловцах, Элладская Церковь заняла такую же позицию. Кроме того в июле 1924 г. Афинский архиепископ потребовал от находившегося в Греции русского духовенства, чтобы оно признало обновленческий Священный Синод в СССР, угрожая в противном случае всех их запретить в священнослужении (это требование и угроза не были выполнены)33
.Владыке Гермогену, который 2 сентября 1922 г. на Архиерейском Соборе в г. Сремские Карловцы был избран членом Архиерейского Синода, пришлось в 1923 г. уехать в Королевство сербов, хорватов и словенцев (с 1929 г. – Югославию), где, проживая в монастырях Раваница, Раковац и Гргетек, он все-таки до 1929 г., несмотря на противодействие, управлял Греческой епархией. При этом Владыка Гермоген в мае 1926 г. в г. Цетинье (Черногория) совместно с епископом Самарским Михаилом (Богдановым) участвовал в хиротонии во епископа – албанского архимандрита Виссариона (Джувани). Позднее епископ Гермоген одно время рассматривался в качестве возможного главы автокефальной Албанской Православной Церкви.