Дальнейшая судьба Владыки сложилась трагически. В 1929 г. он был возведен в сан архиепископа Екатеринославского и Новомосковского, в том же году должен был поехать в США в качестве архиепископа Западно-Американского и Сан-Францисского. Назначение в США оказалось отменено по состоянию здоровья Владыки. В октябре 1936 г., к 50-летию священства, архиепископ Гермоген был удостоен грамоты Сербского Патриарха Варнавы и награжден орденом св. Саввы 2-й степени. В 1930-е – 1941 гг. он проживал в сербском монастыре Гргетек вблизи Сремских Карловац (область Срема) и после оккупации Югославии и провозглашения «независимого государства Хорватия», в апреле 1941 г. на несколько дней был арестован хорватскими националистами усташами. Осенью 1941 г. Владыка вынужденно переехал из Гргетека в русский женский монастырь Хопово, где проживал до мая 1942 г. Почти год в Хорватии проводилась политика геноцида православных сербов, но 3 апреля 1942 г. поглавник (вождь) этого государства А. Павелич под давлением германских властей принял закон о создании автокефальной (неканоничной) Хорватской Православной Церкви, которую возглавил Владыка Гермоген. Архивные документы свидетельствуют, что архиепископ уступил давлению немцев и хорватских властей, шантажируемый угрозой дальнейших преследований сербов. 5 июня Павелич назначил Владыку Гермогена главой Хорватской Православной Церкви в сане митрополита Загребского, 7 июня состоялась его интронизация. Уже 6 июня 1942 г. Архиерейский Синод постановил исключить Владыку из своего состава и духовенства Русской Православной Церкви за границей (РПЦЗ), запретить в священнослужении и при первой возможности (наличии полагающегося состава епископов) предать церковному суду. 11 августа 1942 г. Сербский Синод постановил рассматривать определение Синода РПЦЗ относительно Владыки Гермогена как свое собственное. С июня 1942 по 1944 г. митрополит открыл и освятил несколько десятков храмов, сумел добиться смягчения гонений на сербов в Хорватии и выплаты пособий вдовам и сиротам православных священников. В сент. 1943 г. он высказался против состоявшегося в Москве избрания Патриархом Московским и всея Руси Владыки Сергия (Страгородского). 11 апр. 1945 г. в Спасо-Преображенской церкви Загреба состоялось последнее архиерейское богослужение митрополита. По некоторым сведениям, перед отъездом из Загреба Павелич предлагал Владыке Гермогену уехать с ним, но тот отказался. 8 мая, в день взятия Загреба югославской армией, митрополит был арестован, по воспоминаниям свидетелей, над ним издевались, водя голым по улицам. По указанию правительства Й.-Б. Тито 29 июня 1945 г. Состоялся суд Военного трибунала при коменданте Загреба, решением которого митрополит Гермоген был приговорен к расстрелу; 3 июля 1945 г. иерарха казнили в лесу под Загребом. В Русской Православной Церкви за границей Архиерейского суда над Владыкой никогда не было, но негативное отношение к нему сохранялось длительное время. Даже в конце 1990-х гг. на заседании Архиерейского Синода РПЦЗ некоторые его члены резко осудили деятельность Владыки Гермогена в годы Второй мировой войны, однако есть и архиереи, считающие его мучеником, погибшим от рук безбожников34
.После 1929 г. новый глава Греческой епархии Русской Православной Церкви за границей вместо Владыки Гермогена назначен не был. В 1920–40-х гг. Свято-Троицкой афинской общине значительную помощь оказывали последний императорский посланник в Греции Е.П. Демидов, князь Сан-Донато и его жена – уполномоченная Российского общества Красного Креста С.И. Демидова, организовавшая «Союз помощи русским людям в Греции» (в память заслуг их похоронили у стен церкви). С Троицким храмом был тесно связан и «Союз русских эмигрантов в Греции», возглавляемый графиней И.П. Шереметьевой, также руководившей в 1940–50-е гг. церковным сестричеством.
С образованием в 1924 г. СССР и его официального признания 1 июня того же года Грецией русская община в Афинах была официально отделена от посольства и вошла в состав Афинской архиепископии со статусом парекклисиона (прихода без полных юридических прав); вместо «Союза русских православных христиан в Греции» был образован приходской совет (в ведение которого перешел Троицкий храм), немедленно признанный Элладской Церковью35
. Этому пыталась воспрепятствовать Русская Православная Церковь за границей, добивавшаяся включения Свято-Троицкой общины в свой состав. Конфликт усугублялся переходом Элладской Церкви с юлианского на новый календарный стиль. В 1936 г. член Архиерейского Синода РПЦЗ епископ Хайларский Димитрий (Вознесенский) составил воззвание, призывавшее прихожан Свято-Троицкой церкви «просить иерархическую власть, чтобы она отпустила» их и «вернуться на старый стиль». Однако эти попытки закончились неудачей36.